После смерти друга своей молодости Гегеля (1831), Шеллинг не упустил случая ввязаться в спор об истинном авторстве стародавней статьи "Об отношении философии природы к философии вообще", напечатанной без подписи в "Критическом журнале философии" (1802), заявив, что статья написана им, Гегелю же не принадлежит в ней "ни буквы".

Изменение отношения к Гегелю очень показательно для философской эволюции Шеллинга. Получив от Гегеля экземпляр только что напечатанного первого крупного его произведения "Феноменология духа", Шеллинг 2 ноября 1807 года посылает в ответ текст своей знаменитой речи об отношении изобразительных искусств к природе. После этого переписка старых университетских товарищей навсегда обрывается и их дружеские связи прекращаются.

С 1806 года Шеллинг живет в Мюнхене, где становится членом Академии наук и секретарем Академии изящных искусств.

Осенью 1807 года умирает его жена - Каролина. После ее смерти его продолжали посещать идеи, но он уже ничего не писал и не печатался.

После ухода из жизни Каролины Шеллинг уверовал в бессмертие и при этом сохранил свою оппозицию идеализму. Помимо литературной работы, помимо чтений, он находит успокоение в переписке с Паулиной Готтер, дочерью близкой подруги Каролины. Она называла его жену второй матерью.

Довольно долго они переписывались, прежде чем Шеллинг назначает ей свидание. Девушка производит на него приятное впечатление. 11 июня 1812 года она выходит за него замуж.

В мае 1827 года его назначают генеральным хранителем научных коллекций. В августе - президентом Академии наук.

Между первоначальными идеями Шеллинга и гегелевской системой явно прослеживается преемственность и настоящий прогресс, тогда как позднейшее учение Шеллинга означает скорее расхождение его с прежними своими убеждениями и с гегелевскими взглядами. "Позитивная философия", разрабатывавшаяся приблизительно с 1815 года, была изложена Шеллингом в 90 лекциях, представлявших собой содержание позднейшего учения, которого он придерживался до конца своих дней. Решающим испытанием этих новых взглядов стало чтение им лекций в 1841-1842 годах в Берлинском университете, куда он был приглашен королем, чтобы "разделаться" с учением покойного уже Гегеля и с беспокойными его учениками.

В феврале 1853 года Шеллинга мучают старческие недомогания, силы катастрофически убывают. Он решает подвести итог, составить духовное, философское завещание. Это перечень рукописей и распоряжения относительно их судьбы.

Он обрел вечный покой 20 августа 1854 года в швейцарском курортном городке Рагац. Там его похоронили. Там стоит ему памятник с надписью: "Первому мыслителю Германии".

Памятник Шеллингу поставил баварский король Максимилиан, посмертное собрание сочинений издал сын Шеллинга Фридрих, оба близкие ему как человеку. Как философ он пережил свою славу и не оставил наследников.