В отличие от Китая, где антиманьчжурская борьба тайпинов и ихэтуаней вывела воинские искусства за рамки отдельных школ и сект, сделав их доступными для широких народных масс, японские бу-дзюцу всегда имели ярко выраженный сословный характер и развивались в русле эзотерических традиций. Простолюдинам изучать самурайские бу-дзюцу запрещалось. Даже внутри одного клана далеко не каждый получал доступ в святая святых, тайным традициям школы (мицудён). Наставления Отца-основателя и его ближайших преемников обычно фиксировались в рукописном свитке с иллюстрациями (макимоно), который хранился непосредственно у главы школы. Однако и располагая подобным свитком, самостоятельно, без опытного наставника, освоить сложные комбинации приёмов было делом безнадёжным. Учитель в течении долгих лет передавал свои знания ученикам "из рук в руки" и "от сердца к сердцу".

Официальный руководитель школы назывался иэмото (букв. "глава дома"). Со временем система иэмото превратилась в широко разветвлённый узаконенный институт, объединяющий не только традиционные искусства, но и такие разнородные области, как придворная музыка, сложение пятистиший - танка, гадание, каллиграфия, живопись, пение, соколиная охота, игра в мяч, аранжировка цветов, изготовление коллажей и фигурок из бумаги, театральные представления Ноо и т. д.

Целью создания системы иэмото была максимальная профессионализация всех "общественно-полезных" занятий по цеховому признаку, выработка канонов и раздел сфер влияния между конкурентами. Кроме того, в рамках каждой школы, как и в Китае, складывались особые отношения между наставниками и учениками, представлявшие собой странную смесь конфуцианских добродетелей, дзен-буддийской жизненной философии и низменных материальных расчётов. Целью обучения провозглашалось постижение великого Пути (кит. - Дао, яп.- До), присущего тем или иным предметам: мечу, копью, кулаку, цветам, чаю, бумаге и т.п. другими словами, учитель должен был раскрыть ученикам истинное предназначение данного предмета (например, меча) и научить извлекать из него все преимущества, которые этот предмет может дать в земной жизни.

Поскольку древнее конфуцианское правило гласит, что долг ученика перед учителем выше гор и глубже морей, авторитет иэмото был абсолютно непререкаем. Поступая в школу, ученик добровольно обрекал себя на духовное рабство, которое нередко дополнялось рабством физическим: новичкам доставалась вся грязная работа в доме учителя.

В разраставшихся школах, которые насчитывали порой десятки и сотни человек, иэмото назначали из числа лучших учеников старших инструкторов (сихин), однако оставляли за собой право приёма экзаменов и выдачи лицензий на преподавание. В дальнейшем стали появляться преподаватели нескольких разрядов, которые постепенно передавали своих учеников из младшей группы в старшую. Создавалась иерархическая лестница, в основном копировавшая структуру отношений в самурайских кланах. Как уже отмечалось, новшества и всевозможные нововведения в подобных условиях были почти невозможны, и поэтому школы бу-дзюцу сохранили все свои изначальные особенности до наших дней.

Верность господину и беспрекословное подчинение наставнику стали основой педагогической системы средневековых школ бу-дзюцу. "Когда личность - а не разум, душа - а не рассудок избираются учителем в качестве материала для работы, всё занятие обретает священный характер", - пишет Нитобэ Инадзо в книге "Бусидо. Душа Японии".

"Родители дали мне жизнь, учитель сделал меня человеком", гласит одна из заповедей самурайства. При такой постановке вопроса почёт и уважение, оказываемые учителю, были чрезвычайно велики. "Твои отец и мать подобны небу и земле, - гласит другая заповедь. - Твои господин и учитель подобны солнцу и луне". Нетрудно проследить в этих изречениях кровное родство с широко известными конфуцианскими догмами, на которые опирались правители феодальной Японии. Обучение в родовых, семейных школах начиналось чуть ли не с младенчества, и от юного неофита не требовалось иных гарантий верности, кроме кровных уз. Традиция оттачивалась из поколения в поколение, достигая в каждом новом отпрыске рода предельного блеска и совершенства. Постепенно семья разрасталась в силу естественного прироста, и обладателями секретов школы значительное число людей. Это была элитарная прослойка рю, приобщённая к "тайным заповедям". В некоторых случаях все они были связаны обязательством никогда, никому и ни под каким видом не выдавать своих особых познаний - на протяжении веков дзюцу бытовало в узких рамках родовой школы. Иногда прославленные мастера благодаря своим ратным подвигам получали назначение на официальную должность придворного или армейского наставника фехтования, стрельбы из лука и т.п. Естественно, вассальный долг обязывал виртуоза не за страх, а за совесть обучать молодых самураев, что он и делал, не посвящая, впрочем, своих подопечных в мицудэн.

В рю, сформированных по принципу профессионального отбора, приём и посвящение осуществлялись по-иному. Многое роднит их с китайскими школами у-шу. Абитуриента, если он не был лично знаком с главой школы, непременно рекомендовал кто-либо из старших учеников. Поступающий должен был представить доказательство своего благородного происхождения из семейства самурая (букэ) или киотской дворцовой знати (кугэ). Далее в процессе собеседования выяснялась степень его физической и духовной подготовки и оговаривались условия занятий (большинство школ были платными). Если беседа заканчивалась обоюдным согласием сторон, поступавший расписывался кровью, а точнее, как было принято на Востоке, ставил фамильную печать под уставом школы. Правила, перечисленные в уставе, варьировали большинство положений Бусидо, делая особый упор на уважении учителя (сэнсэй) и старших по уровню мастерства (сэмпай). В любом уставе требование секретности стояло на одном из первых мест. Нарушение обязательств по отношению к школе каралось смертью. Рю во главе с верховным наставником функционировала во времени и пространстве как некое независимое социальное объединение, братство по оружию. Прошедший полный курс обычно получал сертификат в виде свитка с печатью учителя, но на этом связи со школой не прерывались, ибо считалось, что долг перед наставником оплатить в земной жизни невозможно.