Дважды в год на рождественский пост и великий пост, устраивались особые диспуты, открытые для широкой публики, на любую тему (de quolibet), поставленную любым участником диспута (a quolibet). На эти вопросы экспромптом отвечал бакалавр и затем давал ответ мастер.
Структура диспута - выносимый на обсуждение вопрос, аргументы оппонентов, общее решение вопроса и разрешение аргументов, сохраняется и в "Суммах", в несколько редуцированном виде.
Острой дискуссии, развернувшейся в то время относительно рецепции аверроистской интерпретации аристотелевского наследия посвящена работа "О единстве интеллекта, против аверроистов" (De unitate intellectus contra Averroistas). В этом труде Фома оспаривает идею о том, что бессмертна лишь высшая часть интеллекта, общая всем людям (а значит нет бессмертия души), бытующую в среде парижских аверроистов, а также подводит рациональные обоснования под христианское верование в воскресение плоти.
Наиболее важными трудами Фомы считаются две "Суммы" - "Сумма против язычников" (Summa veritate catholicae fidei contra gentiles), именуемая также "Суммой философии", и "Сумма теологии" (Summa theologiae vel Summa theologica). Первая работа, написанная в Риме, в 1261-1264, была вызвана к жизни происходящим активным интеллектуальным обменом между христианскими, мусульманскими и иудейскими мыслителями. В ней Фома стремился, исходя из философской (а стало быть надконфессиональной) позиции, защитить христианукую веру перед лицом мусульман и иудеев. Этот обширный труд разделен на четыре книги: I. О Боге, как таковом; II. О сотворении Богом различных регионов существ; III. О Боге как цели всех существ; IV. О Боге, как Он дан в Его Откровении.
Вторая сумма, Summa theologica (1266-1273), считается центральным произведением Фомы Аквинского. Однако оно отличается меньшим интеллектуальным напряжением и остротой исследовательского духа, характерных для "Дискуссионных вопросов" и "Суммы против язычников". В этой книге Фома пытается систематизировать итоги своих трудов и изложить их в достаточно доступном виде, прежде всего для студентов-теологов. "Сумма теологии" состоит из трех частей (причем вторая разделяется на две): pars prima, pars prima secundae, pars secunda secundae и pars tertia, каждая часть разделена на вопросы, в свою очередь подразделяющиеся на главы - артикулы (согласно наиболее распространенной традиции цитирования части обозначаются римскими цифрами - I, I-II, II-II, III, арабскими - вопрос и глава, словом "ad" помечаются контр-аргументы). Первая часть посвящена установлению цели, предмета и метода исследования (вопрос 1), рассуждению о сущности Бога (2-26), Его троичности (27-43) и промысле (44-109). В частности вопросы 75-102 рассматривают природу человека, как единства души и тела, его способности, относящиеся к интеллекту и желанию. Во второй части рассматриваются вопросы этики и антропологии, а третья посвящена Христу и включает три трактата: о воплощении Христа, Его деяниях и страстях, о причастии и о вечной жизни. Третья часть была не завершена, Фома остановился на девяностом вопросе трактата об эпитимии. Работа была закончена Реджинальдом из Пиперно, секретарем и другом Фомы, на основании рукописей и выдержек из других произведений. Полная "Сумма теологии" содержит 38 трактатов, 612 вопросов, подразделенных на 3120 глав в которых обсуждается около 10000 аргументов.
Фоме принадлежат также комментарии к Писанию и различным философским произведениям, в особенности трудам Аристотеля, а также Боэция, Платона, Дамаскина, Псевдо-Дионисия, письма, работы, посвященные противоречиям православной и католической Церковей в вопросах исхождения Святого Духа от Отца и Сына, первенства Римского Папы и др. Множество прекрасных и поэтичных произведений написано Фомой для богослужения.
