Для надзора за деятельностью всех слоев населения и, в первую очередь, за тодзама-даймё, была создана мощная система сыска и тайной полиции. Особое место в ней занимали особые чиновники, называвшиеся "мэцукэ" - "цепляющиеся к глазам". Деятельность мэцукэ была направлена на выявление нарушений интересов сёгуна. Будучи независимыми от должностных лиц, мэцукэ осуществляли тайную и явную слежку за служилым самурайством центрального и местного аппарата, и всеми даймё.

Мэцукэ сильно разнились по своим функциям и положению. Так назывались и высокопоставленные чиновники, которые контролировали деятельность губернаторов городов или провинций, и рядовые, никому не известные шпионы, совершенно неотличимые от серой массы горожан или крепостных. В мирное время в низовом звене мэцукэ различались хасири-мэцукэ - "бегающие мэцукэ", сёнин-мэцукэ - "карликовые мэцукэ", сэнтэ-гуми-но досин - "стражники отряда упреждения", о-нивабан - "садовники", тайоку-кэйкэ - "охрана внутренних покоев", и некоторые другие. Собственно тайные агенты, скрывавшие принадлежность к аппарату мэцукэ, назывались "оммицу" - "темная тайна".

Начальником над вновь созданным ведомством, или о-мэцукэ, был назначен знаменитый мастер кэн-дзюцу школы Ягю Синкагэ-рю и личный учитель фехтования сёгуна Ягю Дзюбэй Мицуёси, в семье которого передавалась и особая традиция нин-дзюцу, восходящая к Катори Синто-рю. Полагают, что Ягю Дзюбэй был прекрасно знаком с работой мэцукэ на всех уровнях, вплоть до низового тайного агента. В его биографии есть один любопытный эпизод, который отмечают все историки нин-дзюцу. Однажды Дзюбэй неожиданно исчез из столицы и не появлялся целых 12 лет. Что он делал в этот период своей жизни - неизвестно, но предполагают, что все это время он проработал рядовым ниндзя сёгуна. Причем для прикрытия накануне его исчезновения Токугава даже учинил скандал, обвинив Дзюбэя в пьянстве и официально уволив его с поста о-мэцукэ. Интересно, что по возвращении через 12 лет, Ягю Дзюбэй был немедленно восстановлен в прежней должности.

Первыми мэцукэ на службе сёгуната были ниндзя из отрядов Кога-гуми и Ига-гуми. Именно из них набирались оммицу, а также охрана сёгуна. Хотя новая работа сильно отличалась от прежнего ремесла лазутчика, многие шпионские навыки пригодились новоявленным полицейским. Характерно, что переквалифицировавшиеся шпионы продолжали сохранять многие традиции ниндзя. Например, мэцукэ, следуя своему неписанному кодексу, скрывали свое имя, не рассказывали о задании, месте назначения, нанимателе и т.д.

Сёгунат располагал колоссальным аппаратом мэцукэ, который позволял ему контролировать абсолютно все слои населения. Любой человек мог быть шпионом бакуфу. Существует легенда, что даже величайший японский поэт, сочинитель хайку Басё Мацуо был шпионом сёгуната. Хотя большинство историков со скепсисом относятся к этой версии, можно привести некоторые факты в ее потверждение. Известно, например, что Басё был уроженцем города Уэно провинции Ига и свободно перемещался по всем провинциям, для чего требовалось особое разрешение мэцукэ.