Школа Хэки-рю была основана Хэки Дандзё Масацугу, которого называют "отцом кю-дзюцу нового времени". Единой версии биографии Хэки Дандзё не существует. По данным "Санкоку дзиси" ("Географическое описание трех провинций"), род Хэки был ветвью знаменитого клана ниндзя Цугэ. Хэки-рю оказала огромное влияние на всю традицию японского искусства стрельбы из лука. Ее ответвления можно найти во многих провинциях Японии, от самого севера Хонсю (Хэки Ёсида-рю княжества Айдзу) до Кюсю, но наибольшее распространение она получила в центральных провинциях Хонсю: Ямато, Ига, Оми и других.

Среди ответвлений Хэки-рю следует отметить прежде всего такие школы, как Ига Хэки-рю (Ямато Хэки-рю; основана Хэки Ядзаэмоном Норицугу (Норимоти), младшим братом Хэки Дандзё Масацугу), Ясумацу-рю (создана Ясумацу Саконом Ёсицугу, уроженцем провинции Ига и учеником Хэки Дандзё Норимоти), а также Ёсида-рю (основана Ёсидой Сукэдзаэмоном Тоёцуной) также именуемая "синобия-дзюцу" - "искусство шпионской стрельбы из лука".