Книга состоит из четырех частей. В первой части излагается учение о человеке. Вторая - посвящена происхождению и сущности государства. Третья и четвертая части книги содержат критику притязаний церкви на власть и самостоятельность по отношению к государству.

В 1655 году выходит в свет сочинение Гоббса "О теле", представляющее собой первую часть его философской системы. Вторая часть "Основ философии", получившая название "О человеке", появляется в 1658 году. Гоббса трудно отнести к какому-либо конкретному философскому направлению. С одной стороны, он был эмпириком, а с другой - сторонником математического метода, который применял как в чистой математике, так и в других областях знания, и прежде всего в "политической науке".

Согласно Гоббсу, философия также отвергает все представления, основанные на сверхъестественном, теологию и астрологию, учение об ангелах. Философия основывается на доводах разума и отрицает божественное откровение. Таким образом Гоббс стал на позиции более последовательного материализма.

25 мая 1660 года король Карл II Стюарт торжественно въехал в Лондон. Правда, он возвращался в Англию не в качестве абсолютного монарха, так как обязался править страной совместно с парламентом. Однажды, проезжая по Стрэнду, он увидел на улице Гоббса, тут же велел остановить карету и сердечно приветствовал своего бывшего учителя, которого когда-то отказался удостоить аудиенции. Благоволение короля создало моду на Гоббса. В разных слоях лондонского общества появились молодые люди, именовавшие себя "гоббистами". Однако вскоре отношение к Гоббсу со стороны правительства изменилось. Реакционные элементы, преобладавшие в окружении Карла II, стали добиваться восстановления прежних порядков. Начались преследования не только республиканцев, но и сторонников протектората Кромвеля. Автору "Левиафана" дали понять, что его симпатии к лорд-протектору никем не забыты. Гоббсу припомнили и его призывы к повиновению государственной власти, установленной в результате победы революциями, и в особенности его критические выпады против церкви и духовенства.

Философу, обвиненному в распространении ереси, пришлось защищаться. Он пишет и публикует в 1662 году сочинение, в котором вынужден доказывать свою лояльность по отношению к монархии, религиозность и добропорядочность.
В 1665 году в Лондоне вспыхнула эпидемия чумы, а в следующем году город сильно пострадал от пожаров. Церковники в бедствиях, постигших столицу, стали обвинять "безбожников", начали составлять списки "атеистических сочинений", подлежащих сожжению. В них был внесен и "Левиафан".
Последние годы жизни Гоббса проходят в интенсивной литературной работе. Он продолжает полемику со своими научными противниками, пишет книгу по истории церкви, на 84-м году жизни пишет автобиографию (латинскими стихами), а также приступает к переводу на английский язык поэм Гомера. Несмотря на преклонные годы, Гоббсу удается завершить эту огромную работу. Издаются перевод "Одиссеи" (1675), "Илиады" (1676). В 1677 году обе поэмы появляются в одном издании.
В 60 лет он вел умеренный образ жизни. Каждый день поднимался в 7 часов утра, съедал бутерброд и гулял в парке до 10 часов. В 11 ему подавали обед, после он удалялся в кабинет. В этой комнате ровно в полдень всегда плотно занавешивали окна и зажигали свечи. Гоббс работал до вечера.
Умер великий мыслитель 4 декабря 1679 года на 92-м году жизни. Он был похоронен в Гардвиге (Дербишир) в семейном склепе Кавендишей.