В 1835 и 1840 годах Конт пытался занять кафедру в Политехнической школе, но ему вновь отказали. Мечта Конта создать и занять кафедру по истории и философии положительных наук не осуществилась. Много лет спустя, в 1846 году, он снова попытался получить эту должность, но его постигла такая же неудача. В 1848 году после революции с подобным же проектом выступил Литтре, ученик Конта, но и он не имел успеха. Таким образом, Конту не удалось найти в официальных сферах места, соответствующего его стремлениям.

Ощутимую поддержку оказывал Конту знаменитый философ Дж. С. Милль. "Я был пламенным поклонником сочинений Конта, - говорит знаменитый англичанин, - прежде чем вошел с ним в какие-либо отношения; во всю мою жизнь я его никогда не видел, но в продолжение нескольких лет мы поддерживали постоянную переписку, пока она не сделалась слишком полемической и наша ревность в этом отношении не охладела. Я первый стал реже писать, а он первый вовсе прекратил переписку..." Переписка эта началась в 1841 году и продолжалась до 1845 года. В ней не только обсуждались различные философские и общественные вопросы. Конт посвящал своего философского друга и в свою личную жизнь, описывая ему подробно борьбу с учеными и собственные материальные невзгоды. Милль принимал близко к сердцу тяжелое положение философа и, когда ему стала угрожать опасность потерять место, предложил денежную помощь. Конт принял предложение.

Посылая деньги, Милль, однако, советовал Конту подыскивать себе работу и предлагал ему сотрудничество в английских журналах. Но Конт был занят обдумыванием своего второго капитального произведения "Системы положительной политики", поэтому предложение отклонил.

Между тем англичане отказались продлить еще на год свою субсидию. Это сильно раздражило философа. В письме к Миллю он говорит, что поддержка со стороны лиц, сочувствующих его философии, должна быть не временная, а постоянная.

Милль защищал своих друзей. Но тон их переписки немного обострился; философы сильно разошлись по некоторым общественным вопросам. Вскоре последовал полный разрыв, и переписка прекратилась в 1846 году.

В 1851 году Конт лишился последнего своего места - репетиторства в Политехнической школе и стал жить на средства последователей и людей, сочувствовавших ему.

Конт разошелся с женой Каролиной Массин и влюбился в Клотильду де Во. Но любовь философа осталась неразделенной. В течение этого года он виделся с ней ежедневно и написал 96 писем. Клотильда де Во умерла от чахотки, Конт продолжал любить ее и прославил ее в предисловии к "Системе положительной политики". Число приверженцев нового учения росло. Собрания позитивистов принимали все более религиозный характер. Конт мечтал о времени, когда будет произносить проповеди в одной из крупнейших церквей Парижа.

В 1849 году он начал читать публичные бесплатные лекции во "Дворце кардиналов" по всеобщей истории человечества. Лекции длились по несколько часов и производили большое впечатление. Они не были напечатаны, но вышедший в 1852 году "Позитивный катехизис" дает некоторое понятие о них. Речи проповедника новой социальной религии не могли нравиться политикам и неоднократно запрещались. Конт только в определенные часы принимал приверженцев нового учения. Последователи находили много утешительного и полезного в личных наставлениях учителя.

В последние годы жизни мысли Конта приняли субъективный и мистический характер. Он стал считать себя основателем новой религии и ввел нечто вроде культа. В мае 1857 года Конт заболел. 5 сентября он почувствовал себя лучше и пожелал остаться один. Когда к нему вошли, он лежал неподвижно перед "алтарем Клотильды", а вечером того же дня тихо скончался.