В 1956 году ученик Фунакоши Гичина Эгами Сигэру основывает и регистрирует общество Шото-кай, пытаясь сохранить принципы боевого искусства, которые под давлением спортивного направления в GKA стали заметно попираться.

В 1957 году начинается программа посылки японских специалистов JKA по каратэ за границу, и проводится официальный чемпионат по каратэ. Но 1957 год - год великой утраты. Основатель каратэ - до умер. Близкий друг и ученик Великого учителя, президент Шото-кай Генчин Хирониши утверждает, что при планировании похорон Фунакоши, некоторые члены JKA мешали ему выполнять обязанности.

В Токио в 1964 году строится Ниппон Будокан (зал японских воинских принципов), который становится центром боевых искусств. В 1968 году создаётся федерация всеяпонских организаций по каратэ-до (FAJKO или GKF), которая руководит всеми направлениями, в том числе и JKA.

Освоение каратэ, как явления древней культуры Японии, метода самозащиты и спорта содействовало процессу интеграции духовных ценностей западной и восточной культур. Практически во всех странах стали проходить первенства и чемпионаты, создаваться сборные команды. В 1970 году в Токио состоялся первый чемпионат мира по правилам иппон-шобу (по правилам Шотокан, что подтверждает авторитет и рост популярности Шотокан в мире) и состоялась учредительная конференция WUKO, куда вошли Европейский, Панамериканский, Азиатско-Тихоакеанский и Африканский союзы каратэ. Правила Шотокан эксклюзивно использовались на чемпионатах Мира и континентов вплоть до 1975 года. В 1977 на 4-м чемпионате мира впервые, несмотря на предостережения старых мастеров, использовали правила санбон-шобу. Но и после введения чисто спортивных (популистских) правил до настоящего времени Правила Шотокан остаются наиболее популярными.

В то время JKA не выдавало после обучения иностранцам официальные свидетельства инструкторов и рефери, высокие даны, также не выдавались в той же самой частоте. Во всем мире организации - члены JKA начали возражать этому и контролю над своими финансами.

Во всем мире несколько организаций - членов JKA начали возражать контролю над своими финансами. Также в то время JKA не выдавало после обучения не японцам официальные свидетельства инструкторов и рефери, высокие даны, также не выдавались с той же самой частотой. В 1978 году много инструкторов, протестуя, вышли из JKA, JKA уволил других, от огромной Американской Любительской Федерации Каратэ (AAKF) в Соединенных Штатах откололась половина, образовав Международную Федерацию Шотокан Каратэ- до (ISKF). В JKA сначала не признавали даны ISKF, но через пару лет снова начали спокойно иметь дело с ISKF, хотя члены ISKF и AAKF - не являются членами JKA.

Большинство практикующих Шотокан врачей и юристов в Японию, вышли из JKA и сформировали Международную Федерацию Шотокан Каратэ- до (SKIF) во главе с Хирокузой Каназавой. В JKA утверждают, что Kanazawa стал 'трудным' и был уволен из их организации.

6 июня 1985 года WUKO было признано МОК, каратэ начало поступательное движение к олимпийскому признанию.

В апреле 1987 года в возрасте 74 лет умер Главный инструктор JKA, Накаяма Масатоши, не оставив после себя приемника. JKA пробовал организовывать комитет, пытаясь договариваться о том, кто будет следующим главным инструктором.

На чемпионате мира в Египте 1988 года, помимо традиционного шобу-иппон, параллельно была опробована новая система с олимпийским прицелом.

После смерти Масатоши Накаямы, К 1990 году внутреннее напряжение в JKA достигло пика и разделило мастеров на два отдельных лагеря в споре на тему: кто будет главным инструктором? Одну фракцию возглавили Асаи, Абэ, Йохара, и Ямагучи, другую - Ито, Танака, Сугиура, и Осака. До 1993 года обе фракции обучали в Хонбу Доджо, пока арбитраж не передал его фракции Асаи .

Группа Танаки, переместилась в другой зал, но и Асаи не смог содержать Хонбу Доджо и тоже перешёл в другой зал. JKA Асаи - тяготеет обычно к Европе и Японии, имеются не многочисленные, представительские клубы в Северной Америке. Группа Танаки в Японии работает как JKA, и как JKA/WF, которая не является Японской организацией, она технически размещена в Токио, но материально в Филадельфии, где ISKF держит многое во власти (руководит которой г-н Оказаки).

Является ли раскол постоянным? Вопрос, который долгое время волновал приверженцев Шотокан во всём мире. Никто не уверен точно, что происходит относительно этой ситуации за закрытыми дверьми в Японии. Сегодня, имеются, по крайней мере, несколько различных организаций, которые используют стиль обучения Шотокан и официально не имеют общего прямого управления: