В книге "Мнимости и геометрии" (1922) Флоренский из общей теории относительности выводит возможность конечной Вселенной, когда Земля и человек становятся средоточием творения. Здесь Флоренский возвращается к миропониманию Аристотеля, Птолемея и Данте. Для него, в отличие от многих математиков и физиков, конечность Вселенной является реальным фактом, не столько опирающимся на математические выкладки, сколько вытекающим из общечеловеческого мировоззрения.

Летом 1928 года Флоренский был сослан в Нижний Новгород. Хотя через три месяца он был возвращен и восстановлен в должности по ходатайству Е.П. Пешковой.

26 февраля 1933 года Флоренский был арестован по ордеру Московского областного отделения ОГПУ, а 26 июля 1933 года осужден особой тройкой на 10 лет и отправлен по этапу в восточно-сибирский лагерь. 1 декабря он прибыл в лагерь, где его определили работать в научно-исследовательском отделе управления БАМЛАГа.

10 февраля 1934 года он был направлен в Сковородино на опытную мерзлотную станцию. Здесь Флоренский проводил исследования, которые впоследствии легли в основу книги его сотрудников Н.И. Быкова и П.Н. Каптерева "Вечная мерзлота и строительство на ней" (1940).

17 августа 1934 года Флоренский неожиданно был помещен в изолятор лагеря "Свободный", а 1 сентября отправлен со спецконвоем в Соловецкий лагерь особого назначения.

15 ноября он начал работать на Соловецком лагерном заводе йодной промышленности, где занимался проблемой добычи йода и агар-агара из морских водорослей и сделал более десяти запатентованных научных открытий.

25 ноября 1937 года Флоренский был вторично осужден - "без права переписки". В те времена это означало смертную казнь. Официальная дата кончины - 15 декабря 1943 года, - первоначально сообщенная родственникам, оказалась вымышленной. Трагическое окончание жизни осознавалось П.А. Флоренским как проявление всеобщего духовного закона: "Ясно, что свет устроен так, что давать миру можно не иначе, как расплачиваясь за это страданиями и гонениями" (из письма от 13 февраля 1937 года).

Флоренский был посмертно реабилитирован, а полвека спустя после его убийства семье из архивов госбезопасности передали рукопись, написанную в тюрьме: "Предполагаемое государственное устройство в будущем" - политическое завещание великого мыслителя.