В 1913 году Швейцер с женой отплыли в Африку, по поручению Парижского миссионерского общества они должны были основать больницу при миссии в Ламбарене. В 1917 году Швейцер и его жена, как германские подданные, были интернированы во Францию до конца первой мировой войны. После освобождения Швейцер провел еще семь лет в Европе. Истощенный, больной, измученный необходимостью выплачивать долги по Ламбарене, он работал в муниципальной больнице в Страсбурге. Кроме того, он возобновил органные концерты. С помощью архиепископа Натана Сёдерблю Швейцер в 1920 году давал концерты и читал лекции в Упсальском университете и других местах.
В эти годы Швейцер развил систему этических принципов, которую назвал "Почтение к жизни". Свои взгляды он изложил в книгах "Философия культуры I: Упадок и возрождение цивилизации" и "Философия культуры II: Культура и этика", опубликованных в 1923 году.
Периоды работы в Африке Швейцер чередовал с поездками в Европу, во время которых читал лекции, давал концерты, чтобы собрать средства для больницы. Он был удостоен многих наград.
В 1928 году город Франкфурт наградил его премией имени Гёте, воздав должное "гётевскому духу" Швейцера и его служению человечеству.
Когда в 1939 году в Европе началась война, лекарства для Ламбарене стали поступать из США, Австралии, Новой Зеландии. После войны поток грузов возрос.
После войны ученый встречался с Альбертом Эйнштейном. Швейцер уверял Эйнштейна, что разум и нравственное начало возобладают над слепыми разрушительными инстинктами, что в мировом общественном мнении произойдут глубокие изменения, которые должны неизбежно повести к отказу от войн.
В 1951 году Швейцер получил премию Мира западногерманской ассоциации книгоиздателей и книготорговцев. В том же году он был избран членом Французской академии.
В 1953 году Швейцер находился в Ламбарене, когда пришла весть о присуждении ему Нобелевской премии мира. Представитель Нобелевского комитета, Швейцер построил лепрозорий недалеко от больницы в Ламбарене. В конце 1954 года великий гуманист и мыслитель отправился в Осло, где 4 ноября выступил с Нобелевской лекцией "Проблемы мира". В ней он выразил убежденность, что человечество должно отказаться от войн по этическим причинам, так как "война делает нас виновными в преступлении бесчеловечности". По его мнению, лишь тогда, "когда идеал мира укоренится в людском сознании, можно будет ожидать эффективной работы учреждений, призванных оберегать мир".
В 1957 году Швейцер выступил с "Декларацией совести", переданной по радио из Осло. В ней он призвал всех простых людей мира объединиться и потребовать от своих правительств запрещения испытаний ядерного оружия. Вскоре после этого 2 тысячи американских ученых подписали петицию о прекращении атомных испытаний. Бертран Рассел и Кэнон Коллинз в Англии развернули кампанию за ядерное разоружение.
Последнее, что сделал Швейцер при жизни для дела мира, - подписал за несколько дней до кончины уже совсем непослушной рукой обращение лауреатов Нобелевской премии к главам правительств крупнейших государств с требованием немедленно прекратить преступную войну во Вьетнаме. Текст обращения ему прислал известный американский ученый и борец за мир Лайнус Полинг. Полинг торопил Швейцера с отправкой подписанного им обращения, и девяностолетний старик сам понес пакет к уходившему из Ламбарене речному пароходу.
Назад, к дому, он не спешил, а, воротясь, лег на свою почти походную койку, попросил поставить долгоиграющую пластинку с записью фуг и прелюдий Баха и больше уже не вставал.
Швейцер скончался в Ламбарене 4 сентября 1965 года, его похоронили рядом с женой, умершей в 1957 году. Руководство больницей перешло к их дочери.