Падение сословия режима Токугава повлекло за собой ряд реформ, целью которых было создать благоприятные политические и экономические условия для развития Японии по западноевропейскому образцу. Первым серьёзным ударом по феодальному строю и привилегиям самурайства было то, что правительство заставило даймё отказаться от их феодальных прав в управлении кланами. В 1869 г. произошло так называемое добровольное возвращение страны и народа императору - хансэки-хокан. Даймё сначала были оставлены во главе их прежних владений в качестве наследственных губернаторов (тихандзи), но после полного уничтожения деления Японии на княжества и введения префектур (кэн) в 1871 г. князей вовсе отстранили от дел управления. Осуществление верховной власти в префектурах стало входить уже в компетенцию правительственных чиновников. Земельная собственность была аннулирована, её владельцами стали помещики нового типа и буржуазия.

В 1872 г. было отменено сложное и строгое сословное деление, принятое в токугавской Японии. Всё население страны (не считая императорской фамилии - кодзоку) стало делиться на три сословия: кадзоку, образовавшееся из представителей придворной (кугэ) и военной знати; сидзоку - бывшего военно-служилого дворянства (букэ) и хэймин - простого народа (крестьян, горожан и т.д.). Все сословия были формально уравнены в правах. Крестьяне и горожане получали право иметь фамилию.

Кроме трёх основных сословий, получили права и японские парии, которые стали именоваться синхэймин, т.е. новый хэймин (или буракумин - жители специальных поселений - бураку). Им также разрешалось иметь фамилию, они стали формально равноправными членами общества. Однако дискриминация по отношению к синхэймин продолжала оставаться, делая законы не более чем пустым звуком.

Одновременно последовала реформа в армии. Вооружённые силы Японии создавались на основе принципа всеобщей воинской повинности с использованием опыта организации ударных отрядов из народа, так называемых нохэй и кихэйтай, воевавших на стороне антисёгунской коалиции. Несмотря на то что все офицерские посты закреплялись за дворянством, бывшие самураи восприняли создание всесословной армии как прямое ущемление своего привилегированного положения.

По существу создание в Японии регулярной армии, в состав которой входили крестьяне и горожане, и привело к формальному прекращению существования самурайства как особого воинского сословия. Недовольство самурайства, подстрекаемого его реакционной частью, нарастало в следствии неустроенности значительного числа представителей бывшего сословия воинов, капитализации пенсий (замены пожизненных выплат единовременными государственными компенсациями, половина которых приходилась на процентные бумаги, выпущенные правительством), отмены права на ношение мечей и т.д. С 1876 г. оружие разрешалось носить только лицам, служащим в армии, флоте, а также полицейским. Наличие оружия было также частью придворной одежды.

Самураи требовали прекращения реформ и возврата к старым феодальным порядкам. Однако остановить развитие капитализма я Японии не могли ни террористические акты самураев, ни их открытые вооружённые выступления. (Крупнейшим выступлением реакционного самурайства было восстание в княжестве Сацума в 1877 г., возглавленное Сайго Такамори). Несмотря на сохранение множества феодальных пережитков, в стране продолжались дальнейшие преобразования.

В первые же годы после ликвидации в Японии сёгуната правительство занялось созданием боеспособной армии, организованной по европейскому образцу. Командные должности в императорской армии были закреплены исключительно за самураями, в особенности за представителями кланов Тёсю (в армии) и Сацума (во флоте). Этот привилегированный слой самураев (около 40 тыс.), укрепившись в государственном аппарате (главным образом в армии), оказался тесно связанным с японской монархией в противоположность самурайской оппозиции - тем самураям, которые не смогли приспособиться к новым условиям и оставили прежнее привилегированное положение на стороне антиправительственных группировок.

Многие самураи шли служить также в полицию, причём эту службу они ничуть не считали зазорной. Население, знавшее, что полиция состоит в подавляющем большинстве из самураев, продолжало по традиции относиться к полицейским почти так же, как в дореформенной Японии к правящему сословию воинов. Таким образом, в эпоху Мэйдзи японская полиция являлась как бы "сословной организацией".

Вместе с самураями-офицерами во вновь созданные вооружённые силы были привнесены многие черты, присущие некогда воинам феодальных самурайских дружин. В основном это было наследие идейного характера. Идеологическая обработка солдат новой армии была основана на морально-этическом кодексе самурайства - бусидо, несколько изменённом в соответствии с духом времени. Если раньше для самурая, по бусидо, прежде всего существовали только интересы даймё и клана, то отныне мораль воина стала "японским национальным духом", который воспитывал любовь к императору и Японии. Солдаты императорской армии эпохи Мэйдзи должны были в соответствии с указом императора от 1884 г. развивать в себе прежде всего "уважение к верности и исполнению долга", а также испытывать полное презрение к смерти. В число главных качеств солдата входили и другие аналогичные требования самурайской морали эпохи средневековья. После издания указа было отдано специальное распоряжение, предписывающее читать пункты этого рескрипта вслух перед войсками каждое воскресенье с тем, чтобы солдаты могли его выучить наизусть и руководствоваться им повседневно. Таким образом, этическое воспитание солдат японской империи почти идентично поучениям "пути воина", с той лишь разницей, что самопожертвованию ради императора и государства теперь учили не профессиональных воинов, а всех, кто призывался на действительную службу.