Деятельность же ямабуси объективно противостояло этой политике. Начать с того, что в основном ямабуси становились лица, не прошедшие официального посвящения в монахи. На доктринальные вопросы им, в подавляющем большинстве, было наплевать. В первую голову они ставили практику, направленную на личное овладение сверхъестественными возможностями, а проблемы государственной стабильности и авторитета властей их волновали очень мало. Действия ямабуси носили спонтанный, неангажированный характер.

Естественно, что власти прилагали немало усилий для борьбы с сюгэндо, официально объявив это движение вне закона. В указах 718 и 729 годов запрещалось строить скиты в горах, заниматься проповедью закона Будды в лесных и горных местностях. Гонения особенно усилились в период возвышения монаха Докё, который пользовался благоволением императрицы Кокэн. В 765 году специально для него был создан пост "монаха-министра", в результате чего он фактически узурпировал власть в стране. По его приказу вооруженные отряды охотились на ямабуси, арестовывали их и разоряли горные скиты.

Многие считают, что в сопротивлении правительственным войскам родилось боевое искусство ямабуси, послужившее основой нин-дзюцу. Однако преследования ямабуси продолжались очень недолгое по историческим меркам время. Практически сразу после смещения Докё с поста "монаха-министра" в 770 году почти все ограничения деятельности ямабуси были сняты. Правительство потерпело поражение. В источниках периода гонений на сюгэндо нет никаких упоминаний о столкновениях между правительственными войсками и группами ямабуси. В условиях, когда правительство контролировало лишь центральный столичный округ, было достаточно уйти подальше в горные дебри, и уже никто "горных мудрецов" достать бы не смог, так что никакой нужды в боевом искусстве в тот период у ямабуси не было.