По преданию, основы Такаги-рю заложил буддийский монах Унрю - "Текущее облако" - из провинции Рикудзэн, что на севере Хонсю. Произошло это в 1570 году. Унрю передал свое учение некоему Ито Кии-но Ками Сукэтаде, который положил в основу своей системы технику боя длинным шестом и разработал приемы с копьем, алебардой, короткой палкой, мечом и кодати. С начала XVII века эта традиция стала передаваться в небольшой самурайской семье Такаги, служившей князьям Сироиси и давшей свое имя этой школе бу-дзюцу. Большую роль в становлении Такаги-рю сыграл Такаги Ориуэмон Сигэтоси (1625-1711), который добавил к имевшейся технике некоторые приемы сумо и разработал систему борьбы без оружия (тай-дзюцу) из 48 приемов. Такаги Ориуэмон передал секреты Такаги-рю своему сыну, Такаги Уманосукэ (1656-?), который начал открытое преподавание Такани-рю как комплексное бу-дзюцу. Уманосукэ называл свою технику Такаги-рю тай-дзюцу косино-мавари, или эмоно-дори ("захват оружия") и больше всего любил работать копьем. При нем Такаги-рю получила распространение во многих районах Овари.

Немалый вклад в развитие Такаги-рю внес и сын Уманосукэ, Такаги Гэнносин. Гэнносни стал ямабуси и удалился на священную гору Кумано, где познакомился с другим сюгэндзя - Окуни Кихэем, основателем Куки синдэн-рю. Когда 2 мастера сравнили свои школы, выяснилось, что Такаги-рю была сильнее в дзю-дзюцу, а Кукисин-рю - в фехтовании бо. В итоге мастера решили объединить свои знания, после чего к Такаги-рю были добавлены приемы боя шестом, копьем и алебардой Кукисин-рю, а Кукисин-рю у Такаги-рю почерпнула немало техники дзю-дзюцу. После памятной встречи Гэнносина с Окуни Кихэем техника борьбы без оружия в Такаги-рю стала называться "дакэнтай-дзюцу" - буквально "искусство нанесения ударов кулаком по телу".

Со временем Такаги-рю разделилась на 3 ветви. Одна из них, созданная Иситани Такэои Масадзи, получила название Иситани Такаги Ёсин-рю. Среди учеников Иситани были Такамацу Ёсиёси (отец Такамацу Тосицугу) и сын - Иситани Мацутаро. Мацутаро в детстве убежал из дома, поскольку не вынес тягот тех тренировок, которые заставлял выполнять его отец, изучил школу Кукисин-рю у Акиямы Ётаро и позже соединил Такаги Ёсин-рю и Кукисин-рю в единую систему, которую и преподал Такамацу Тосицугу. Последний овладел также традицией Фудзита Такаги-рю.

Как видим, как и в случае с Куки синдэн-рю, связь Такаги-рю с ниндзя никак не прослеживается. Разве что поверить ничем не подкрепленному утверждению Хацуми, что семья Иситани была семьей тюнинов из Ига. Однако и к ним Такаги-рю попала из рук "самураев" не ранее 2-й половины XIX века. А между тем почти вся бросковая техника Будзинкана позаимствована именно из Такаги Ёсин-рю.

Если 2 вышеописанные школы благополучно дошли до наших дней и ныне преподаются в десятках додзё по всей Японии мастерами, не имеющими никаких связей с линией Такамацу-Хацуми, то остальные 7 школ являются исключительным достоянием этих двух "ниндзя". И ввиду полного отсутствия иных письменных источников, в их анализе придется опираться только на сведения, сообщаемые Хацуми Масааки.

Самой древней из этих школ считается Гёкко-рю - "Школа яшмового тигра", в которой преподается косси-дзюцу - "искусство костяных пальцев", или методы поражения уязвимых точек при помощи пальцев.

По утверждению Такамацу Тосицугу, корни этой школы уходят в Китай династии Тан. Считается, что основу этой системы заложил либо императорский телохранитель, не отличавшийся внушительными размерами и большой физической силой, либо какая-то принцесса, либо придворная дама. После падения Танской империи в 907 году многие аристократы бежали в Японию. В их числе был и военачальник Тё Гёкко, который, якобы, и передал японцам учение косси-дзюцу.

Это учение на протяжении ряда веков передавалось в семье Судзуки, а в XVI веке перешло в клан Сакагами, член которого Сакагами Таро Кунисигэ и стал официальным основателем школы Гёкко-рю сито-дзюцу - "искусства кончика пальца". Затем патриархом Гёкко-рю стал монах Гёккан. Он обучил этой техникой четырех мастеров:
1)Сасаки Гэндаю Садаясу, сын которого, Сасаки Гороэмон Акиёри позже основал школу Гёкусин-рю, также входящую в Будзинкан;
2)Судзуки Дайдзэн Таро Тикамасу, последователь которого в 4-м поколении Фукао Цуноума Сигэёси основал ныне утраченную школу коппо-дзюцу ("искусство учения о костях", использует мощные удары руками и ногами для повреждения костей противника) Идзумо-рю;
3)Акимото Кавати-но Ками Ёси, ученик которого Урю ханган (судья) Гиканбо основал школу коппо-дзюцу Гикан-рю, также входящую в Будзинкан;
4)Тоду Сакё иссинсая, ставшего создателем школы коппо-дзюцу Кото-рю и, якобы, передавшего Гёкко-рю и Кото-рю знаменитому дзёнину Момоти Сандаю.