Частью гэнины происходили из зависимых от дзёнинов и тюнинов крестьян, которые, вслед за своими господами, перешли от кормления от земли к заработку профессией шпиона. В этом случае специальные знания и навыки передавались непосредственно от отца к ребенку, вне зависимости от пола. Частью гэнины набирались из разного рода "буйного люда" - бродячих, потерявших господина самураев - ронинов, разбойников и т.д., обладавших подходящей подготовкой.

Известный японский историк Сиба Рётаро указывает на еще один источник рекрутнрования рядовых агентов. Он утверждает, что дзёнины и тюнины в неурожайные годы занимались скупкой младенцев у голодающих крестьян, многие из которых с легкостью соглашались на этот шаг, стремясь освободиться от лишнею рта и спасти жизнь ребенка. После этого малышей помешали в специальные школы-додзё, где опытные наставники начинали готовить из них супермастеров "плаща и кинжала". Вероятно, юные ниндзя проходили процесс индоктринации. Какие именно методы при этом использовались, точно неизвестно. Но можно предположить, что широко применялся гипноз, различные наркотические смеси, другие приемы програмирования психики, позволявшие превратить человека в настоящую лишенную чувств машину убийства.

Во времена отдыха гэнины под видом крестьян и охотников проживали в особых деревнях, как правило, глубоко в горах, вдали от людских глаз. Жизнь в таких селениях была строю регламентирована. Вопросы брака, рождения детей и их воспитания не были здесь делом отдельной семьи - слишком большое значение имели они для организации. Поэтому все решения по ним принимались старостами-тюнинами. Они решали, на ком жениться молодому гэнину, когда и сколько рожать детей, как их воспитывать. Для подбора "идеальных пар" и определения времени зачатия использовались различные гадания, составлялись гороскопы, применялись различные способы приворота (асидомэ-но дзюцу) и заговоры. Всевластие руководства над рядовыми "сотрудниками" доходило до того, что при необходимости любого гэнина могли послать на верную смерть. Но такое случалось нечасто - слишком большую цену представлял каждый агент для организации.

Конечно, такая сложная трехэтажная структура могла возникнуть только в том случае, если число агентов в шпионской организации было велико. И действительно, факты свидетельствуют, что только ниндзя Ига, где действовали мощные кланы Хаттори, Момоти и Фудзибаяси. имевшие "под ружьем" до 700 - 800 агентов каждый, выработали такую иерархическую структуру. Менее крупные организации - от 30-40 до 100-150 членов - имели более простую, двухэтажную иерархию. Во главе их стоял предводитель, именовавшийся "торе" - "глава шайки", соединявший в одном лице функции дзёнина и тюнина. Именно так были организованы шпионские группы 53 семей из Кога, суппа Фума и др.

При объединении нескольких организаций в союз, как это имело место, например, в случае с 53 кланами Кога, вероятно, создавались некие советы, координировавшие деятельность отдельных организаций.

Говоря о вертикальной структуре шпионских организаций, нужно отметить еще, что, когда группа ниндзя состояла на постоянной службе у какого-нибудь даймё, сам ее наниматель или его военачальник выполнял функции дзёнина, на практике реализуя тезис Сунь-цзы, что "всеми категориями шпионов ведает сам государь".