Тогда же, при правлении монголов шаолиньский настоятель Фуюй сделал новый вклад в развитие шаолиньского боевого искусства: он пригласил в монастырь 18 знаменитых мастеров, которые обучили монахов своей технике. С той поры в набор классических шаолиньских комплексов входят хунцюань (кулак Хуна), тунбицюань (кулак рук Туна) и т.п. Другим значительным деянием Фуюя является открытие пяти филиалов Шаолиня - в Монголии (составлявшей в тот момент единое государство с Китаем), на горе Паньшань в провинции Хэбэй, в городах Чанъань (нынешний Сиань), Лоян и Тайюань.

Значимым для истории монастыря является XVI век. В это время побережье Китая терроризировали пираты-вако (базировались они на островах Рюкю, в основном там были японцы, однако встречалось и много китайцев). Когда на борьбу с вако отправились войска под командованием великого полководца Ци Цзигуана, из Шаолиня тоже вышли отряды монашеского воинства. Больше всех в тот период прославился монах Юэкун.

Шаолиньский монастырь простоял до 1928 года. 20-е годы нашего века вошли в историю Китая под названием "правление милитаристов", когда каждый, кто имел хоть какую-нибудь военную силу (от группы армий до батальона) объявлял себя полновластным властелином какой-либо территории (от нескольких провинций до одной деревни). Все они вели сложную военно-политическую борьбу за увеличение своих владений, и в перспективе - за контроль над всем Китаем, то объединяясь в клики, то вновь нарушая договоры и союзы. В 1928 году место, где находится монастырь, стало полем боя, и монастырь был уничтожен страшнейшим пожаром за всю его многовековую историю. Согласно хроникам, огонь бушевал 40 дней, монастырь выгорел почти дотла. Монахи разбрелись по окрестным деревням, часть вернулась в мир. Hекоторые пошли в армии к милитаристам, где благодаря своему знанию боевых искусств быстро выбивались на команлные посты, в годы Второй мировой войны приходилось монахам воевать и в партизанских отрядах. Hаверное самую головокружительную карьеру сделал Сюй Шию (монашеское имя Юнян), который вступив в компартию дослужился до должности командующего Гуанчжоуским военным округом и был одним из сподвижников Мао Цзэдуна.

Монастырь так и находился в руинах до 1970 года, когда о своем намерении посетить знаменитый храм заявил японец Со Досин, объявивший себя преемником шаолиньской традиции, якобы переданной ему в годы войны в Китае каким-то из монахов (история, честно говоря, очень и очень сомнительная, но по политическим соображениям в Китае обычно предпочитают называть то, чем занимаются в "Японском союзе сериндзи кэмпо", японским вариантом шаолиньского ушу). Тогда правительство срочно выделило крупную сумму на восстановление монастыря и собрало уцелевших монахов (точнее тех, кто захотел вернуться в монастырь).

В настоящее время монастырь Суншань Шаолинь является прежде всего крупным туристским центром. Вокруг него кормится большое количество школ ушу, никакого отношения к монастырю не имеющих. Обычно они делают деньги на доверчивых иностранцах, которые всерьез готовы выкладывать по 20$ в день за то, чтобы после двухнедельных тренировок получить сертификат о том, что они "изучали настоящее шаолиньское ушу". Одним из самых известных заведений такого рода является Международная академия шаолиньского ушу. Возглавляет ее Ван Чанцин (обычно предпочитающий подписываться монашеским именем Дэцянь), который в свое время несколько лет изучал в Шаолине традиционную медицину (не ушу!!!), после чего начал издавать от своего имени содержимое шаолиньских архивов, даже не позаботившись хоть чуть-чуть упорядочить разнородные тексты и придать им подобие хоть какой-то системы. Есть рядом с монастырем и спортивный институт шаолиньского ушу, выпускники которого разъезжают в монашеских одеждах по всему миру, давая показательные выступления. В этих условиях многие истинные мастера покидают монастырь, предпочитая открывать свои собственные институты шаолиньского ушу в других городах и даже других провинциях КHР (так например, преемник Дэгэня - хранителя традиции стиля шаолинь лоханьцюань (шаолиньский кулак архатов) - открыл свой институт в Кайфэне, в самом Шаолине же в настоящее время этим одним из классических монастырских стилей не владеет никто). Уже много лет остро стоит проблема настоятеля, который, согласно традиции, должен и ушу хорошо владеть, и в буддизме разбираться. Уже давно такого не находится.