Е. И. Шапошникова родилась 12 февраля 1879 года в С.-Петербурге, в семье известного архитектора академика Ивана Ивановича Шапошникова и матери Екатерины Васильевны. Е. И. приходится правнучкой фельдмаршалу Кутузову. Боевой была одна из ее бабушек. Отсюда, должно быть, и воинствующий дух самой Е.И.

"Мое самое любимое слово - дух воинствующий ", - говорила Е. И. о себе. С самого детства она обладала чувством справедливости и сострадания к обездоленным и была настолько решительно настроена, что родные опасались, как бы она не пошла по революционному пути.

Само имя Елена в переводе с греческого означает - светлая, факел. Вот как Е. И. описывает свое детство: "Девочка росла редко чуткой к красоте во всех ее проявлениях, особенно запоминала красоты природы: Девочке уже шел пятый год: незаметно, на газетах, кубиках и картинках девочка освоилась с азбукой и стала бегло читать. Так же быстро одолела и азбуки, французскую и немецкую; к шести годам свободно читала и даже писала на трех языках".

Несмотря на нянек и разных бонн и учительниц, девочка росла очень самостоятельной и больше всего любила играть и читать в одиночестве. Е. И. вспоминала: "Моя жизнь так сложилась, что все окружающие приходили ко мне со своими переживаниями и обидами и за разрешением спорных вопросов, и почти всегда мне удавалось рассеивать основательные и неосновательные обиды". Дар распознавания людей и примирения конфликтов она пронесет через всю свою жизнь.

"С самого раннего детства предчувствовала, знала, как мелкие, так и крупные события. Знала результаты русско-японской войны. Также знала, что война 1914 года окончится поражением Германии. Знала, что ужасы революции не коснутся ее ближайшей семьи." Девяти лет девочка поступила в первый класс Мариинской женской гимназии.

"Память за все время учения была замечательная: девочке было достаточно один раз прочесть небольшое стихотворение или отрывок прозы, чтобы она могла повторить его слово в слово".

Елена хорошо рисовала и с увлечением занималась музыкой. В 16 лет она заканчивает гимназию с золотой медалью. После гимназии она продолжила свое образование в музыкальной школе при Петербургской консерватории.

"Уже будучи семнадцатилетнею девушкой, получив от матери разрешение выезжать по утрам на велосипеде в парк по определенным аллеям, с восторгом пользовалась этим часом, чтобы в одиночестве вбирать чистую утреннюю прану и любоваться всегда новой красотой окружающей природы".

Вот как описывает ее в те годы Наталья Владимировна Шишкина: "стройная, очень пропорционально сложенная. Полная изящества женственности и какого-то внутреннего обаяния всего ее облика, она невольно притягивала к себе все взоры. У нее были роскошные светло-каштановые с золотым отливом волосы и пышная прическа, высокая, по моде того времени: Когда она улыбалась, а улыбалась она часто, все лицо ее освещалось теплом и лаской.