Войска сёгуна помогали князьям только тогда, когда их самураи не могли сами справиться с народом. Например, восстания крестьян в Симабара (1637 - 1638) и в провинции Симоса (1653) были подавлены правительственными войсками.

Укреплению порядка способствовали законодательные меры токугавских сёгунов, продолживших линию Нобунага и Хидэёси. Одним из указов, который вёл к твёрдому установлению социальной иерархии, был декрет Хидэёси 1588 г. Об изъятии у крестьян оружия, известный под названием "катана-гари" - "охота за мечами". Он укрепил застывшее разделение сословия воинов и народа и должен был препятствовать ведению крестьянами вооружённой борьбы против князей. Указы и своды правил, регламентировавшие жизнь высших привилегированных слоёв и простонародья, всякий раз подчёркивали сословные различия. Почётное и наследственное звание самурая позволяло ему иметь фамилию, носить два меча и одежду своего сословия; в то же время крестьянам (даже зажиточным) по указу 1643 г. было запрещено носить шёлковое платье, предписывалось ограниченное потребление риса и т.д.

Сёгунское правительство не разрешало самураям заниматься торговлей, ремеслом и ростовщичеством, считавшимися постыдными занятиями для благородного человека, а также освобождало их от уплаты налогов.

Наставления для самураев сводились в определённые кодексы. Один из них - "Букэ-хатто" ("Свод законов военных домов"), составленный Токугава Иэясу в 1615 г., определял правила поведения военного сословия в быту и на службе. В "Букэ-хатто" говорилось о серьёзном отношении самурая к оружию и необходимый для буси литературе (статьи 1 - 2), о поддержании порядка во владении даймё и отношениях между сюзереном и вассалом (ст. 3 - 5), об одежде и экипажах, свойственных для каждой категории сословия (ст. 9 - 11), о женитьбе (ст. 8) и т.д.

Закон строго охранял честь самурая. Один из пунктов основного административного уложения дома Токугава, состоявшего из 100 статей, гласил: "Если лицо низшего сословия, такое как горожанин или крестьянин, будет виновно в оскорблении самурая речью или грубым поведением, его можно тут же зарубить". Это правило в более популярном виде известно как "Кирисутэ гомэн", т.е. разрешение на убийство или "разрешение зарубить и оставить".

Неподобающим по отношению к самураю рассматривалось также неуважение его личности. Крестьянам предписывалось: "где бы они ни были - у обочины дороги или за работой в поле, завидев любого самурая (в том числе и из чужого владения), "обязательно снимать головные уборы - соломенные шляпы, платки, повязки из полотенца - и пасть на колени". За неисполнение этого правила полагалось наказание. Другими словами, каждая встреча с самураем могла окончиться смертью. Простой народ, по законам Токугава, о которых он иногда имел очень смутное представление, должен был в соответствии с конфуцианской доктриной просто делать то, что ему говорят, не спрашивая, зачем это надо.

Об отношении высших и низших сословий в официальном уложении говорилось следующее: "Все нарушения должны быть наказуемы в соответствии с сословным статусом". Те нарушения, которые считались для самураев "эксцессами", для народа были уже "преступлениями" и могли караться смертью. Однако, с другой стороны, самурай (по бусидо) лишался жизни за такой поступок, за какой крестьянину сохраняли жизнь. При невыполнении приказа, например, или нарушении данного слова воин должен был покончить жизнь самоубийством.

Многие элементы законодательства сёгуната, выступавшие часто в форме этических принципов, выполняли собой официальную идеологию самурайства (бусидо), которая продолжала своё развитие в период Эдо.

Эпоха правления сёгунов Токугава была временем наивысшего расцвета сословия самураев, окончательного сложения его идеологии, культуры и обычаев. Однако это же время ознаменовало собой ухудшение состояния экономики, кризис всей финансовой системы правительства и укреплении торгово-ростовщических элементов, развивавшихся в растущих городах. Особенно явственно это стало проявляться после годов Гэнроку (сентябрь 1688 - март 1704).

Не помогли сёгунам Токугава и реформы, которыми власти пытались укрепить пошатнувшуюся экономику, изменить бедственное положение разоряющихся крестьян, страдавших от тяжёлых поборов, неурожаев, голода и эпидемий.