Согласно источникам, среди первых школ, начавших практиковать систему быстрого обнажения меча, была школа "Тэнсин Сёдэн Катори Синто Рю". Это было в середине 15-го века. Сенсеем этой школы был Изаса Чёисаи. Особое внимание в школе Изаса Чёисаи было сосредоточено на методах защиты и нападения, которые начинались с неожиданного и мгновенного извлечение меча из ножен. В отличие от существовавших тогда школ Кен-дзюцу, проводилось обучение приемам использования меча, находящегося в боевой позиции (камаэ), все приемы Иай-дзюцу начинались с оружием, находящимся в ножнах. По концепции Иай-дзюцу, меч должен быть быстро извлечен из ножен при внезапном столкновении, и после выполнения работы, опять возвращен в ножны.

Основная задача практикующего Иай-дзюцу - поразить врага, быстро и неожиданно, используя технические и психологические преимущества, возникающие при мгновенном извлечении оружия и столь же быстром и неотвратимом его применении. Таким образом, менялась идеология и психология боя. Техника Иай-дзюцу не могла использоваться на поле боя при сражениях войск - это была техника индивидуального поединка, где большая часть успеха зависела от личного мастерства и качества оружия. В этом виде боя надеяться можно только на Бога, на себя и свое оружие.

Все школы фехтования, будь то европейские или восточные, обязательно имели свои "секретные" приемы, передаваемые от учителя к лучшему ученику, из поколенья в поколенье. Секреты тщательно оберегались от посторонних. И это понятно - знание этих секретов и умение их использовать давало преимущество над противником. В Иай-дзюцу же целиком построена на "секретных" приемах. 15 -16 века в истории Японии были достаточно бурными и опасными, поэтому Иай-дзюцу нашло благодатную почву для своего развития.

Из Иай-цзюцу, берут начало приемы современного Иай-до. Основоположником этого направления Иай-дзюцу считается Хаясизаки Дзинсукэ Сигенобу. Он жил в 16-ом столетии и будучи мастером меча, основал свою школу фехтования, которую назвал "Батто-Дзюцу". Эта школа создавалась как школа боевого искусства. Техническими основами школы Хаясизаки Дзинсукэ Сигенобу были приемы быстрого обнажения меча, защиты и контратаки. Одновременно в этой системе оружие начало использоваться, и как адепт познания и совершенствования. Следующий шаг в этом направлении, который логически должен был произойти, это появление и искусства скорее духовного, чем прикладного, направленного в глубь человека в тайну познания его мироздания. И шаг на этом пути был сделан, этим шагом была разработка системы Иайдо.

После Хаясизаки Дзинсукэ Сигенобу появились две школы, ведущие обучение непосредственно по его методам: одна - "Сигэнбу Рю", другая - "Ринзаки Рю"(Позднее названная "Хаясизаки", японский иероглиф "Хаясизаки" иногда читают как "Ринзаки"). Кроме этих школ были и другие школы, такие как Син Мэй Мусо Рю, Син мусо Рю, Хоки Рю, Сюо Рю и т.д. Хаясизаки Дзинсукэ путешествовал по Японии, представляя свою систему. В результате более чем 200 школ в тех местах, где он бывал, во время своих путешествий, стали развиваться под его влиянием.

Вторым мастером, продолжателем системы Хаясизаки Дзинсукэ Сигенобу, считается Тамия Хейбэй Наримаса, основатель школы Тамия Рю.

Следующим мастером, дополнившим в систему, был Хасагава Хидэнобу.
Хасагава Хидэнобу (Эйсин) - 7-ой мастер системы обучался у Бано Нобусада методам Ринзаки Рю. На базе техники он развил систему и создал школу, которую назвал "Хасагава Эйсин Рю". Это было направление Иай-до, выполнявшийся из "татэ хиза" (где фехтовальщик сидит с поднятым коленом правой ноги, а его левая нога подвернута под ягодицу).

Дальнейшие изменения и дополнения были внесены во время 9-го мастера (Хаяси) - Омори Рокудайю Моримаса, обучавшегося под руководством мастера Араи Сейтэтцу Киёнобу в Эдо. Неизвестно точно кто внес эти изменения Омори Рокудайю Моримаса или Омори Рокурозаэмон Масамицу, который также преподавал в школе, но в систему была введена церемония приветствия взятая из "Огасавара Рю" Рэйсики, - "сэйдза"(сидя на коленях), и фехтовальные приемы выполняющиеся из этого положения.

С этого времени сформировавшаяся система стала иметь следующий вид:
- "Окудэн" - центральное ядро, представлено методами "батто-дзюцу", и методами школ Сигэнобу Рю и Ринзаки Рю;
- "Чудэн" - эти методы от Хасагава Эйсин, 7-ого мастера;
- "Шодэн(внешний круг) - методы Омори Рю, 9-ого мастера;

Базовая школа получила название "Мусо Дзикидэн Эйсин Рю" и расположилась на Сикоку в области Тоса. Школой была принята политика "закрытых дверей".