27 августа 1600 года, как и ожидал Иэясу, 30.000-ная армия Исиды Мицунари напала на замок Фусими. Узнав об этом, Токугава тут же приказал своему вассалу Ямаоке Митиами, младшему брату Ямаоки Кагэтаки, владельца замка в Сэта провинции Оми, поднять на борьбу буси из Кога. Сначала на помощь замку Фусими пришло около 100 ниндзя из Кога, а затем подтянулись еще 300 синоби. Всего под началом у Тории Мототады было около 2000 воинов.

Несмотря на многократное превосходство врага, крепость продержалась 10 дней и, возможно, простояла бы и дольше, если бы не предатель, семью которого Исида пригрозил распять, не поджег главную башню замка. Тогда Мототада повел 200 оставшихся в живых защитников крепости на вылазку и отбросил врага. Когда в живых осталось всего 10 воинов, он удалился во внутренние покои пылающего замка, чтобы совершить харакири. В это время в зал ворвался Сайга Сигэмото Магоити, предводитель ниндзя из Сайга, и подбежал к нему с копьем наперевес. Но, когда Тории назвал свое имя, он остановился, подождал пока доблестный воин не совершил сэппуку, и лишь после этого отрубил ему голову, которую затем выставили на Столичном мосту в Осаке. 6 сентября замок Фусими пал, но обошлось это Исиде очень недешево: в боях он потерял 3000 своих лучших воинов.

Многие буси из Кога погибли при защите Фусими. После победы при Сэкигахаре Иэясу решил воздать по заслугам буси из Кога, и создал отряд Кога-гуми из потомков погибших при защите Фусими ниндзя. Постоянным местом дислокации отряда Кога-гуми стал квартал Кога-мати в городе Аояма. Днем рождения Кога-гуми был объявлен день памятного сражения за замок Фусими 1 сентября 1600 года. В уезде Кога в этот день каждый год проводились празднества и моления духам погибших в тот день героев, а по происшествии 250 лет со дня этого сражения в 1849 году сёгунское правительство предоставило 70 пластин серебра на проведение заупокойной службы по погибшим. В это время во многих населенных пунктах уезда Кога появились надгробные памятники в честь героев обороны Фусими.

Гарнизон Фусими выполнил свою задачу и задержал врага до подхода основных сил Токугавы. По всей стране разгорелась широкомасштабная война, в которой приняли участие едва ли не все тогдашние даймё. В сражениях обе стороны активнейшим образом использовали ниндзя из Ига и Кога и многих других кланов, которые продемонстрировали в то время чудеса доблести и мастерства. Однако лучше всего показали себя ниндзя из Ига, служившие Токугаве. Тайная агентура, созданная знаменитым Хаттори Хандзо, наглядно продемонстрировала свое превосходство в этот период. Благодаря умелым и ловким действиям "садовников", Иэясу всегда на шаг опережал своих врагов и был в курсе всех их коварных замыслов.