После Тэнсё Ига-но ран провинция Ига по распоряжению Оды Нобунаги перешлп во владение Вакасаки Дзинная, который в 1584 году после смерти Оды по распоряжению его преемника Тоётоми переехал в провинцию Авадзи, где ему было предоставлено новое поместье. А провинция Ига перешла в руки Цуцуи Садацугу, ранее владевшего замком в горах Ига. Цуцуи управлял Ига на протяжении 23 лет, до 1607 года, когда Токугава Иэясу, разозленный его неповиновением, сослал его в Ивасиро, что на самом севере Хонсю.

В период войны при Сэкигахаре Цуцуи Садацугу воевал на стороне Токугавы, но в самом решающем сражении участия не принимал. Дело в том, что в это время на провинцию Ига напал Синдзё Суруга-но Ками, представитель старинного рода ниндзя и один из военачальников Исиды Мицунари. В это время старший брат Цуцуи - Гэмбаносукэ - бросил свой замок и бежал на гору Коя. Из-за этого Садацугу пришлось развернуть свои войска, двигавшиеся на восток, и вернуться в замок Уэно, где он и оборонялся до самого конца войны.

После разгрома врага Токугава Иэясу решил, что этот даймё, назначенный Тоётоми Хидэёси, попросту вел двойнуй игру, рассчитывая на победу антитокугавовской коалиции, и сослал его в край Дэва. Понимая, что силы Осаки окончательно еще не подорваны и продолжение военных действий неминуемо, Токугава решил, что очень важно установить полный контроль над Ига, через которую проходила дорога, соединявшая восток и запад Хонсю. К тому же, Ига была замечательным источником прекрасно подготовленных шпионов, которыми комплектовалась секретная служба семьи Токугава. Для решения этой задачи Иэясу решил передать провинцию в ведение какого-нибудь преданного вассала, но для этого сначала надо было разделаться с Садацугу. В разработке этой замечательной операции принял активное участие Хаттори Хандзо Масанари. По плану, разработанному ниндзя, следовало организовать мятеж среди вассалов Садацугу, и обвинить его в небрежном отношении к обязанностям правителя. В итоге Цуцуи Садацугу был признан виновным и приговорен к ссылке.

После устранения Цуцуи, Иэясу подарил замок Уэно в Ига своему верному вассалу Тодо Такаторе. Он назначил своим советником Ясуду Унэмэ, родственника знаменитого Хаттори Хандзо. Ясуде была пожалована фамилия Тодо. Он был возведен в самурайское сословие (а вслед за ним и все остальные ниндзя Ига), назначен главным вассалом (дзюссин) и стал активно участвовать в управлении провинцией.

Ниндзя пользовались огромным вниманием со стороны Тодо и самого Иэясу, которые делали все возможное, чтобы привлечь их на свою сторону. Ниндзя низшего уровня - гэнины - были прикреплены к тюнинам, ставшим вассалами семьи Тодо, и поселены в особом квартале Синоби-тё в призамковом городке Уэно. По требованию бакуфу все они были занесены в специальный реестр "Ига-цуки сасидаси-тё" и служили основным источником агентов для тайной службы сёгуната.

По-видимому, управление провинцией Ига было теснейшим образом связано с установлением контроля за ниндзя. Для этого сёгунское правительство приложило немало усилий, начиная с предоставления ниндзя права иметь фамилию и носить меч, что способствовало повышению их статуса. Кроме того, семьям ниндзя были предоставлены большие льготы в уплате ежегодных налогов. Взамен от них требовали осуществлять охрану замка семьи Тодо, патрулировать горные пустоши, передавать сообщения при помощи сигнальных дымов. Всем гэнинам были предоставлены значительные земельные участки. Таким образом они превратились в военных поселенцев, которые занимались сельским хозяйством и одновременно несли военную службу. Все ниндзя были объединены в единую организацию "мусокунин" - "безногие люди".