Начиная с эпохи Канъэй (1624-1644) наметилась новая тенденция в развитии секретной службы оммицу. К этому времени ситуация в стране в значительной степени стабилизировалась, и период опасливого отношения к потенциальным мятежникам-даймё ушел в прошлое. Тайные агенты все меньше и меньше использовались для слежки за князьями и их вассалами, и в целом их численность резко сократилась. Однако система секретной агентуры не разрушилась окончательно, хотя и претерпела коренные изменения. Этому в немалой степени способствовало бурное развитие городов, прежде всего Эдо, Киото и Осаки, формирование городского сословия, увеличение численности населения в стране, рост числа крестьянских выступлений. В этих условиях усилия тайной службы все чаще направлялись на поддержание порядка и контроль за настроениями масс. Таким образом система мэцукэ постепенно трансформировалась из секретной службы политического и военного характера в полицейский аппарат. В этот период многие специалисты по нин-дзюцу стали переходить под начало городских и храмовых управляющих (бугё). А деятельность по контролю за даймё, хотя и не была полностью свернута, но продолжалась в гораздо меньших масштабах.

Так, многие ёрики (полицейские) из числа Кога-моно заняли важные посты в полицейской структуре, а Ига-моно по большей части остались на прежнем месте службы, в качестве садовников-телохранителей и лишь некоторые из них поступили на службу в полицию. Такая разница в судьбах Ига-моно и Кога-моно объясняется различиями в их подготовке. Дело в том, что Кога-моно по большей части были выходцами из слоя тюнинов. Поэтому они владели не только приемами рукопашного боя, разведки и маскировки, но и навыками анализа, оценки ситуации, глубоко разбирались в человеческой природе. А вот ниндзя из Ига, комплектовавшие ряды "садовников", владели, в основном, приемами уровня гэнин - могли тайком прокрасться куда надо, убить кого нужно и бесследно исчезнуть. Только все это для полицейского-стражника большого значения не имело.

Переход из службы безопасности сёгуната в полицейское ведомство не мог не повлиять на содержание подготовки бывших ниндзя. Теперь им приходилось разоблачать и задерживать разного рода преступников. Отсюда повышенный интерес к технике обезоруживания, связывания, конвоирования, пыток и допроса свидетелей. С другой стороны, старинные шпионские методы проникновения в охраняемые помещения и крепости, сближавшие ниндзя с ворами, из системы обучения полицейских агентов были изъяты. Фактически, это привело к полному пересмотру наследия нин-дзюцу, которое теперь рассматривалось с точки зрения преследователя, а не преследуемого.

Интересно, что даже многие приемы боя новых полицейских были позаимствованы из арсенала синоби периода Сэнгоку-дзидай. Так классическим оружием мэцукэ стали дзюттэ (затупленная металлическая дубинка с "усиком" для защемления меча), манрики-гусари (цепь с грузиками на концах) и рокусяку-бо (шест около 180 см длиной). Эти 3 вида в период Токугава назывались "мицу-догу" - "3 приспособления". Они считались наиболее эффективными видами оружия в бою против фехтовальщика, вооруженного мечом. Кроме того, манрики-гусари и дзюттэ можно было легко спрятать в складках одежды, чтобы не выдавать свою принадлежность к мэцукэ, и использовать в толпе или тесном пространстве. Известно, что древнейшей школой бу-дзюцу, специализировавшейся в овладении манрики-гусари, была Масаки-рю, которую основал Масаки Тосимицу, начальник охраны центральных ворот Эдо. По легенде, он стремился исключить всякую возможность вооруженного конфликта в таком ответственном месте. Однако, по мнению известного американского исследователя японских бу-дзюцу Дона Дрэгера, использование этих видов оружия отражало снижение мастерства фехтовальщиков, поскольку только в этом случае мэцукэ мог приблизиться достаточно близко к своему противнику, чтобы использовать такое короткое оружие как дзюттэ. Для сравнения, в период Сэнгоку-дзидай в число мицу-догу входили такие мало известные ныне виды оружия, как сасумата (двузубое копье), содэгарами (багор с шипами для защемления клинка противника) и цукубо (Т-образное шипастое оружие). Эти 3 вида оружия имели длинные древки, позволявшие держать мастера кэн-дзюцу на расстоянии.

Спрос на подготовленных ниндзя катастрофичекси упал. Многие отпрыски старинных семей, практиковавших нин-дзюцу, забросили тренировки по дедовским рецептам. И вправду, зачем было им истязать себя до изнеможения на протяжении целого ряда лет, если потом от полученных навыков все равно не было никакого проку? Период расцвета нин-дзюцу давно уже миновал, и оно неуклонно деградировало. Лишь единицы во всей стране Восходящего солнца овладевали приемами нин-дзюцу в полной мере. Те из них, кто не находил себе применения на государственной службе или на службе даймё, становились разбойниками. Возможно, именно поэтому документы XVII-XVIII веков содержат столь много сообщений о супер-ворах.

Но, что любопытно, именно в этот период японской истории было написано большинство наставлений по нин-дзюцу и кодифицировано множество школ этого искусства: Дзэн-рю (Итидзэн-рю; основана Токугавой Ёсимити в 1-й половине XVIII века), Коё гункантэки-рю (одна из ветвей Кога-рю, основана Охарой Кадзумой во второй половине XVIII века), Курама Ёсин-рю (Сиода Ёсин-рю; основана Сиодой Дзиндаю во 2-й половине XVIII века), Мацуда-рю (основана Мацудой Кинситиро Хидэто в начале XVII века), Мори-рю (создана в середмне XVII века; использовалась Мори-гуми, одним из отрядов оммицу сёгуната), Мугоку Рёдзё-рю (возникла в середине XVII века), Накагава-рю (создана Накагавой Кохаято в середине XVII века), Санто-рю (создана Сасаки Какоу Мунэ в начале XVIII века), Таки-рю (создана Таки Фуюки во 2-й половине XVII века, соединила Ига-рю и Кога-рю), Унсю-дэн Ига-рю (основана Иноуэ Сёдзаэмоном Масаясу в середине XVII века) и другие. По-видимому, в мирное время у ниндзя было больше времени, чтобы как-то осмыслить и систематизировать свой опыт и на этой основе разработать собственную школу. Характерно также, что большинство школ нин-дзюцу, появившихся в XVII-XVIII веках, были связаны не с сёгунатом, а с тодзама-даймё, которые опасались агрессии со стороны правительства.