Старинные документы говорят нам, что Айки-дзюцу было исходно разработано Минамото-но Ёсимицу, третьим сыном Минамото-но Ёриёси, который был потомком императора Сэйва в пятом поколении. В то время семья Минамото была одним из главных правящих кланов Японии, и из нее вышли многие известные бойцы и правители. Хотя история приписывает создание Айки-дзюцу Ёсимицу т его старшему брату Ёсииэ, более вероятно что эта боевая система ранее уже разрабатывалась внутри клана и сформировала основы, которые были усовершенствованы братьями.

Из реальных исторических документов нам известно, что их отец - Минамото-но Ёриёси - который был правителем области Тиндзюфу провинции Осю, и его старший сын сражались против Абэ-но Садатоу в войне Дзэн Ку Нэн (1051-1062). Война была длительной и трудной, но, наконец, в сентябре 1062г. пришла победа - после разгрома Абэ-но Садори в сражении при Коромагава-но Яката.

Двадцать лет спустя восстание семьи Киёхара в провинции Осю привело к Госсанской войне (1083-1087), которая известна жесткими боевыми и погодными условиями, поскольку в основном велась в глубоком снегу. Когда Ёсииэ понес тяжелые потери и оказался под угрозой поражения, Ёсимицу пришел на помощь брату. Две группы соединились для атаки замка Канадзава, но Ёсимицу встревожило внезапное нарушение полета стаи диких гусей, за которой он наблюдал. Он правильно угадал, что враги ждут их в засаде в соответствии с учением военного стратега Ооэ-но Масафуса, и изменил свои планы, чтобы спутать карты врагов. В результате они закончили войну победой 14 ноября 1087г.

В старых документах говорится, что развитию Айки-дзюцу способствовало проводившееся Ёсимицу и его братом исследование строения костей и функционирования тела человека. Многие считают, что основой разрабатывавшейся техники были результаты вскрытия трупов с целью анализа работы костей и связанных с ними тканей. Безусловно, оба героя часто показывали себя великими воинами. Минамото-но Хатимантаро Ёсииэ был мастером стрельбы из лука, а Минамото-но Ёсимицу владел со-дзюцу (применение копья), то-хо (владение мечом) и тай-дзюцу (позднее оно было названо дзюдзюцу) так же хорошо, как и стрелял из лука.

Старший сын Ёсимицу - Ёсикиё - переехав в район, известный под названием Кай, основал новую ветвь семьи, которая с того времени стала называться "Кай-Гэндзи Такэда" (Кай - название местности, Гэндзи - исходное коренное имя семьи, и Такэда - новое имя). Семья Такэда развивала свои собственные уникальные формы боевых искусств, в том числе стрельбу из лука, искусство езды на лошади, приемы боя мечом и копьем и Айки-дзюцу. Они дополнили свою эффективную систему ведения боя, в целом называемую "хэйхо", эффективными элементами системы "гунпо" (полевой стратегии), включающей методы запруживания рек (с целью затопить лагерь врагов или оставить их без воды) и рытья туннелей (для добычи золота или проникновения во вражеский замок через подкоп под стеной).