В древний период истории Японии обряд харакири не был распространён среди японского населения архипелага. Однако, имея уже определённые представления о животе как главнейшем пункте человеческого тела, древние японцы, вероятно, легко смогли заимствовать айнский обряд "пере". Собственно харакири появилось относительно поздно в среде воевавших против айнов военных поселений северных провинций, которые превратились впоследствии в сословие японских воинов.

Вполне закономерен именно тот факт, что обряд начал развиваться у воинов - людей, находившихся в постоянной боевой готовности и всегда носивших при себе оружие - средство для ведения войны и орудие самоубийства.

Начиная с эпохи Хэйан (IX - XII), сэппуку уже становится обычаем буси, при котором они кончали жизнь самоубийством, погибая от собственного меча. Тем не менее обряд не был ещё тогда массовым явлением. Самоубийства путём харакири получили широкое распространение у самураев лишь в конце XII в., во время борьбы за власть двух могущественных родов - Тайра и Минамото. С этого времени число случаев харакири постоянно растёт; самураи делали себе сэппуку, чаще не желая сдаваться в плен или в случае смерти своего господина.

Харакири вслед за смертью господина ("самоубийство вслед") получило название "оибара", или "цуйфуку". В древности в Японии при смерти знатного человека вместе с ним погребали и его ближайших слуг, предметы роскоши и т.д., дабы обеспечить его всем необходимым в загробном мире. Этот обычай стал позднее называться "дзюнси" Впоследствии, чтобы избавить людей от мучительной смерти при захоронении заживо, им разрешалось самоубийство здесь же, на могиле их хозяина. Император Суйнин, правивший в начале нашей эры, согласно преданиям, вообще запретил дзюнси, а слуг, хоронимых вокруг вместе с господином вокруг его могилы ("хитогаки" - "ограда из людей"), приказал впредь заменять антропоморфными фигурами из глины. Однако обычай смерти вслед за сюзереном, несколько трансформировавшись, сохранился в феодальное время и принял вид уже добровольного лишения себя жизни посредством харакири на могиле феодала. В соответствии с нормами бусидо самураи ни во что не ставили свою жизнь, отдавая себя всецело служению только одному своему господину, поэтому-то смерть сюзерена и влекла за собой многочисленные случаи оибара. Обязавшись "отдавать свои тела господину по его смерти", обычно 10 - 30 и более ближайших слуг феодала умерщвляли себя, сделав сэппуку после его кончины.

Добровольно уходили из жизни не только вассалы феодалов, но и сами даймё. Так, например, в день кончины сёгуна Иэмицу (1651 г.) самоубийством покончили пять знатных князей из его окружения, которые не пожелали "пережить своего господина". В период междоусобных войн харакири приобретает в сословии самураев массовый характер. Вскрытие живота начинает доминировать над другими способами самоубийства. Как сказано выше, в основном буси прибегали к харакири для того, чтобы не попасть в руки врагов при поражении войск своего даймё. Этим же самураи одновременно заглаживали свою вину перед господином за проигрыш в битве; они уходили таким образом от позора.

Одним из наиболее известных примеров совершения харакири воином при поражении является сэппуку Масасигэ Кусуноки. Проиграв сражение, Масасигэ и 60 его преданных друзей совершили обряд харакири. Этот случай считался самураями одним из самых благородных примеров преданности долгу в японской истории.

Обыкновенно вслед за вскрытием живота японский воин этим же ножом перерезал себе и горло, чтобы прекратить мучения и быстрее умереть. Бывали случаи, когда самураи или военачальники обезображивали себе перед самоубийством лицо холодным оружием с тем, чтобы воины противника не смогли уже после их смерти использовать головы совершивших харакири в качестве доказательства своей "храбрости" и военного мастерства перед господином и снискать себе за эту ложь уважение и почёт самураев собственного клана. Так поступил Нитта Ёсисада, воевавший против рода Асикага. Он, чтобы не быть узнанным врагом, перед харакири изувечил себе лицо.

Другим поводом для сэппуку служило стремление предупредить угрожающее со стороны феодала или правительства сёгуна наказание за какой-либо недостойный чести самурая поступок, оплошность или невыполнение приказания. В этом случае харакири совершалось по собственному усмотрению или по решению родственников.

Производилось харакири также в знак пассивного протеста против какой-либо вопиющей несправедливости для сохранения чести самурая (например, при невозможности совершения кровной мести), в виде жертвы во имя идеи или при лишении возможности применения своих профессиональных навыков воина в составе дружины феодала (при утере вассалитета). Короче говоря, харакири было универсальным выходом из любого затруднительного положения, в котором оказывался самурай.

Часто самураи совершали харакири по самым незначительным и несущественным поводам. Известен случай сэппуку двух самураев из окружения императорской семьи. Оба самурая сделали себе харакири после короткого спора из-за того, что их мечи случайно задели друг друга, когда буси проходили по дворцовой лестнице.