Важное место в религиозном мировоззрении самураев занимал древний культ синто, который мирно существовал с буддизмом. Основной чертой этой религии японцев было почитание сил природы, местных божеств, предков. В качестве одной из трёх главных синтоистских святынь японцами рассматривался священный меч. (Тремя сокровищами синто считались меч, драгоценность (ожерелье из нефрита, яшмы или просто драгоценный камень) и зеркало.

Меч (амэ-но муракумо-но-цуруги - меч небесных густых облаков) являлся символом самурайского воинства, храбрости и должен был направляться против врагов Японии.
Драгоценность (ясакани-но магатама - сияющая изогнутая яшма) символизировала совершенство, доброту, милосердие и в то же время твёрдость при управлении и повелевании. Древние воины носили целые связки магатама. Возможно, что магатама (первоначально зубы диких животных) служила древним японцам амулетом, как и у многих народов Сибири.
Зеркало (ята-но кагами) - было эмблемой мудрости и символом солнечной богини Аматэрасу. Оно использовалось часто в качестве предохраняющего талисмана.

Все три этих атрибута синто служили нередко жертвами, приносимыми синтоистским божествам, а иногда и сами составляли синтай ("тело" бога) других богов).

По легенде, священный меч синто был извлечён мифическим персонажем - богом грома Сусаноо из хвоста восьмиголового змея и затем подарен им сестре - богине солнца Аматэрасу. Позднее Аматэрасу вручила меч, восемь кусков нефрита и зеркало своему внуку Ниниги-но Микото, отправляя его властвовать на земле. Со временем меч превратился в символ самурайства и "душу" японского воина.

Меч, наряду с зеркалом и драгоценностью, стал в ряде случаев рассматриваться синтоистами как "тело" или "облик" бога (синтай), который помещался в закрытой части главного храма любого комплекса синто - хонся. Иногда мечи не только служили синтаем, но и обожествлялись. Богом, почитаемым в Ацута, например, был пресловутый меч Кусанаги, (Кусанаги - букв. "косящий траву". По легенде меч, переданный Аматэрасу земным властителям Японии, получил такое название после того, как с его помощью спас свою жизнь императорский принц, завоевавший северные территории страны. Принц сумел остановить надвигавшийся на него огненный шквал тем, что скосил вокруг себя траву мечом). Добытый Сусаноо в хвосте убитого им змея, богом же Исоноками считался меч, названный "Фуцу-но Митами".

Кроме меча, синто освящало также другое оружие самураев, в частности копьё. В честь копья в одном из районов Эдо Одзи, (Многие военные праздники проводились именно в Эдо (нынешний Токио), так как этот город являлся столицей сегуната, в которой присутствовало всегда большое число феодальных князей, а следовательно и их вассалов - самураев. Устраивался 13 августа древний самурайский праздник "яримацури". Праздник проходил при обязательном присутствии двух самураев в доспехах чёрного цвета с копьями и мечами (у каждого из воинов на поясе висело по семь мечей длинной более четырёх сяку каждый - 1 сяку = 30,3 см.) и восьми мальчиков-танцоров, бросавших после исполнения танцев ("сайбара" и "дэнгаку") в толпу свои шляпы, которые рассматривались как талисманы счастья. В этот же день священники синто раскладывали в храме маленькие копья. Их разрешалось уносить верующим с собой, однако с условием возвращения на следующий год не одного, а двух таких же миниатюрных копий. Они служили амулетами, защищавшими якобы от воровства и пожара.

Синто требовало от самураев обязательного почитания умерших предков и поклонения душам убитых в бою воинов, военачальников, обожествлённых героев и императоров. Считалось, что умершие прародители становились богами и, наделённые сверхъестественной силой, оставались в мире живых, влияя на события, населявшие этот мир, и рядовые духи-покровители (удзигами) в особенности, могли, по представлениям японцев, распоряжаться человеческими судьбами, влиять на успех или неудачу в жизни, оказывать воздействие на ход сражения и т.д. Поэтому самураи верили в божественную предопределённость и ставили свою волю в полную зависимость от "воли богов". Перед каждым военным предприятием воины обращались к удзигами, боясь навлечь на себя гнев духов предков, ибо они властвовали над природой, и все бедствия - это месть духов за несоблюдение благочестия. Почитание предков влекло за собой почитание родины - "священного места обитания богов и душ предков". Синто учило любви к родине ещё и потому, что Япония, и только она одна, является "местом рождения" Аматэрасу - богини солнца, которая передала управление страной своим "божественным потомкам".

Поклонение предкам и местным божествам развивалось в культ национальных богов и императора (тэнно - "посланника неба", "источника всей нации", единственного из всех правителей земли, имеющего "божественное происхождение", власть рода которого передаётся из века в век неизменно и непрерывно. (Нынешний император Хирохито считается 124-м представителем непрерывающейся династии, начавшейся в 660 г. до н. э. Правлением мифического тэнно Дзимму, потомка богини солнца Аматэрасу).

Это имело большое значение в формировании понятия верности самурая феодалу, императору и Японии в целом, проявившемуся во всех несправедливых войнах, которые велись под знаменем национальной исключительности "японской расы".

Кроме душ предков, героев и т.д., самураи особенно почитали синтоистского бога войны Хатимана, прототипом которого являлся обожествлённый, по традиции синто, легендарный император Японии Одзин. Впервые Хатиман упоминается как "помощник" японцев в 720 г., когда он, по преданию, оказал эффективную помощь в отражении нашествия со стороны Кореи. С тех пор его стали считать покровителем японских воинов. Перед каждой военной кампанией самураи возносили Хатиману молитвы, просили его оказать поддержку в предстоящей борьбе, приносили клятвы - "юмия-Хатиман" ("да увидит Хатиман наши луки и стрелы" или "клянусь Хатиманом").

Наряду с Хатиманом самураи признавали богами войны мифического тэнно Дзимму, основателя императорской династии, императрицу Дзингу и её советника Такэти-но Сакунэ, а также принца Ямато-дакэ (Ямато-такэру), покорившего айнский восток Японии.

В честь богов войны устраивались в определённые дни празднества. Одним из них был "гунсинмацури", торжественно отмечавшийся 7 октября на территории синтоистского храма в Хитати. Ночью в пределах храма собирались мужчины с мечами (дайто) и женщины с алебардами (нагината), развешивались бумажные фонари, которые затем сжигались.

Синто, являясь исконной религией японцев, однако, редко присутствовал в цистом виде в религиозной жизни самураев. Буддизм, проникший в середине VI в. в Японию, был более развитой (при этом - мировой) религией, нежели примитивный синтоизм. Поэтому он был сразу же принят правящими кругами страны и использован в их интересах. Тем не менее синтоистские священнослужители не желали отказаться от своих привилегий и опирались на народные массы, продолжавшие исповедовать традиционную религию. Это заставило буддийское духовенство и правителей древней Японии идти по пути сотрудничества двух религий, что со временем привело практически к синкретизму синтоизма и буддизма.

Слияние синто и буддизма отразилось на духовной жизни самурайства. Нередко японские воины перед военными походами или решающей битвой одновременно поклонялись духам синто и божествам буддизма. В результате подобного сосуществования многие боги синто стали наделяться особенностям буддийских бодхисаттв, в то время как пантеон буддизма пополнялся принятыми в него божествами синтоизма. Культ Хатимана, в частности, номинально являвшегося богом синто, был глубоко пропитан буддизмом. Многие из изречений, приписанные Хатиману, явно носят буддийский характер, так как в них он называет себя Босацу - бодхисаттвой - чисто буддийским термином.

В дальнейшем Хатиман был признан буддийским духовенством бодхисаттвой и получил имя Дайдзидзайтэт. То же можно сказать и о синтоистской богине Аматэрасу, "прародительнице" императорской семьи. Аматэрасу была объявлена приверженцами буддийской секты "сингон" воплощением верховного космического будды Вайрочана (Дайнити).