После того, как в период Камакура кланы госи из Кога превратились в вассалов семьи Сасаки, в уезде установилось относительное спокойствие. Вассалитет госи отнюдь не означал полной потери самостоятельности. В действительности семья Сасаки, понимая всю силу и опасность буси из Кога, почти не вмешивалась в их дела. К тому же вассалами семьи Сасаки стали не все кланы госи, а только самые крупные из них, в частности, семья Мотидзуки, которой князья Сасаки номинально отдали уезд Кога во владение. Фактически большинство кланов госи сохранило свои поместья и нехависимость. При этом Мотидзуки играли одновременно роль моста и заслона: с одной стороны - они обеспечивали передачу и выполнение распоряжений Сасаки дзи-дзамураям, с другой - будучи номинальными владельцами уезда, прикрывали действия своих "вассалов"-госи.

Формальное подчинение князьям Сасаки не привело, однако, к стабилизации ситуации в Кога. Дело в том, что земли здесь уже давно были поделены. И поскольку сыновей в каждой семье госи, как правило, было несколько, в условиях нераздельного наследования старшим сыном всего поместья средним и младшим сыновьям приходилось либо пытаться отхватить кусок у соседей, либо искать удачи на стороне. Поэтому в уезде то и дело вспыхивали раздоры, а сам он напоминал пороховую бочку, у которой нужно только запалить фитиль - и она взорвется.

В конце-концов огонь к фитилю был поднесен. К концу XV века Сасаки, бывшие до того официальными военными губернаторами провинции, набрали силу и превратились в удельных князей. Дело дошло до того, что они стали выказывать открытое неповиновение власти сёгунов Асикага. Тогда Асикага Ёсиаки решил сурово покарать столь явное проявление сепаратистских амбиций, чтобы другим неповадно было, и в 1487 году направил в провинцию Оми большую армию.

Решающее сражение произошло у поместья Магари-но го, что в уезде Авата провинции Оми. Оно вошло в историю под названием "Роккаку-сэмэ Магари-но дзин" - "Нападение Роккаку (Сасаки) на местечко Магари". В авангарде армии Сасаки находился значительный отряд госи из Кога, которые и разработали план всей операции. Глубокой ночью отряд ниндзя из Кога неожиданно атаковал главный лагерь сёгуна, находившийся в самом центре расположения вражеских войск. Вспыхнувшие разом во многих местах пожары и разящие удары "воинов ночи" повергли солдат Асикага в панику, они обратились в беспорядочное бегство.

Весть об этом сражении облетела всю Японию, и слово Кога-моно ("люди из Кога") вмиг стало известно всей стране. Этот случай описан в старой книге "Оми короку", где сказано: "Имена людей из Кога стали повсеместно известны благодаря их фантастическим поступкам во время боевых действий при Магари в 1-м году Тёкё". Про Кога-моно стали говорить, что это - лучшие воины во всей Японии. И это неудивительно, ведь горсточка ниндзя смогла обратить в бегство армию самого сёгуна.

Интересно, что в этой битве принимали участие и ниндзя из Ига, правда сражались они на другой стороне, хотя тоже успешно: захватили один из замков Сасаки.

Сражение Роккаку-сэмэ Магари-но дзин наглядно показало возможности ниндзя, и именно с тех пор в Японии стали говорить о двух школах нин-дзюцу: Ига-рю и Кога-рю.

Конечно, сёгун не мог простить такой позор, и уже через 4 года наследник Ёсиаки, Асикага Ёситака, вновь послал аомию против Сасаки Такаёри. На этот раз по какой-то причине госи из Кога практически не поддержали князя, и лишь небольшой отряд их сражался в его армии. Некоторые историки полагают, что именно это явилось главной причиной поражения Такаёри, чья армия была наголову разбита. Сам Такаёри после разгрома бежал в горы Кога, где его приняли под защиту тамошние госи. Что интересно, армия Асикага не решилась его преследовать и сразу вернулась в столицу. Ее военачальники понимали, сколь опасно столкновение с ниндзя в их горном логове.

Кога-моно поддерживали семью Сасаки на протяжении нескольких поколений и сражались в армиях князей Такаёри, Садаёри и Ёсикаты. Правда, при последнем князе, когда уже стал очевиден упадок рода Сасаки, ниндзя из Кога массами хлынули за пределы родного уезда, чтобы стать под знамена более удачливых полководцев.

Считается, что прецедент этому создал начальник разведывательной службы князя Токугавы - Хаттори Ясунага. Он сумел убедить даймё, что Кога-моно - настоящий клад во время войны, и уговорил его нанять себе отряд из госи. Для вербовки Кога-моно был отправлен сын Ясунаги Хаттори - Хандзо. Сначала он направился в родную провинцию Ига, откуда, через посредство Фудзибаяси Нагато, стал сноситься с госи из Кога, убеждая их в том, что Токугава Иэясу - самая выгодная ставка, и что именно ему в будущем предстоит править Японией. Хотя многие восприняли его предложение с недоверием, в конце-концов Хандзо сумел набрать отряд из более чем 200 нидзя. По прибытии в провинцию Микава они были назначены телохранителями самого Иэясу. Такое доверие и почет, оказанные князем из далекой провинции, не могли не повлиять на госи, которые еще оставались в Кога. Постепенно они тоже потянулись из родных гор и разбрелись по всей Японии в ответ на предложения многих военачальников и князей.

В период Сэнгоку-дзидай в Кога было много настоящих мастеров нин-дзюцу, владевших всеми секретами партизанской войны. Однако отряды синоби из Кога были намного меньше, чем группы ниндзя из Ига. Численность их не превышала 30-40 человек. Поэтому госи из Кога обычно называют тюнинами (при этом князь Сасаки занимал положение дзёнина), хотя трехэтажная структура дзёнина-тюнин-гэнин была выработана только ниндзя из Ига. К концу XV века кланы Кога сумели объединиться в союз, названный по числу вошедших в него семей "Кога годзюсан-кэ" - "53 семьи Кога".