Третьим крупнейшим центром нин-дзюцу, после провинции Ига и уезда Кога, была провинция Кии, породившая две мощные школы - Нэгоро-рю и Сайга-рю. Их возникновение напрямую связано с деятельностью воинов-монахов - сохэй.

Монастырь Нэгоро-дзи был одним из крупнейших и богатейших монастырей в Японии. К XVI веку в Нэгоро-лзи было 2700 ученых монахов, а по количеству сохэев он соперничал со знаменитыми храмами горы Хиэй.

Все монахи Нэгоро-дзи делились на две группы: гакурё, или "ученых монахов", и гёнин, или "бродяг", которые и занимались военным делом. Во второй половине XVI века во главе гёнинов из Нэгоро стояли "4 священнослужителя" - Сугинобо, Ивамуробо, Сэнсикибо и Акаибо, которым подчинялись еще 27 "знаменных предводителей". "4 священнослужителя" были весьма умными и талантливыми полководцами. Во всяком случае, когда в Японии появилось огнестрельное оружие, они одним из первых сумели оценить его достоинства и быстро снабдили им своих воинов.

Монастырская братия Нэгоро-дзи отличалась особенно крутым нравом, и еще в середине XV века приобрела славу отъявленных головорезов. Вокруг монастыря Нэгоро-дзи сплотилась целая коалиция окрестных феодалов. Так возник союз Нэгоро-икки. Сфера влияния Нэгоро-икки распространялась на северную часть провинции Кии и юг провинций Идзуми и Кавати. Кроме того, отряды Сэнсикибо включали в себя также семью Цутихаси из соседнего района Сайга и многих младших членов семей богатых крестьян с юга Идзуми.

Еще с конца XIV века сохэи из Нэгоро стали принимать активное участие в междоусобных войнах. Особенно часто Нэгоро-икки выступала на стороне рода Хатакэяма, который занимал пост сюго провинции Кии. В 1570 году бойцы из Нэгоро-дзи в составе армии Оды Нобунаги участвовали в осаде крупного монастыря Исияма Хонган-дзи. По сведениям источников, они были вооружены 3000 мушкетов - весьма большое число ружей для тогдашней Японии.

Монастырь Нэгоро-дзи стал местом рождения школы нин-дзюцу и хо-дзюцу (применение огнестрельного оружия) Нэгоро-рю. Ее основателем был один из "4-х священнослужителей" - Сугинобо Мёсан. Его старший брат - Цуда Кэммоцу Кажзунага - изучал искусство стрельбы из ружей на острове ТанэгасимаЮ куда португальцы впервые ввезли ружья. Вернувшись на родину в провинцию Кии, Кэммоцу поселился в Нэгоро-дзи и отдал приказ об изготовлении ружей семье кузнецов Сибацудзи, дом которых находился перед воротами монастыря. Вскоре сохэи из Нэгоро-дзи стали искусными стрелками, а Сугинобо Мёсан основал школу Нэгоро-рю, специализировавшуюся в хо-дзюцу, ка-дзюцу (применение огневых средств) и нин-дзюцу. Ему же приписывается создание легкой переносной деревянной пушки. Поскольку сохэи из Нэгоро едва ли не первыми в Японии овладели стрельбой из огнестрельного оружия и изготовлением мушкетов, они превратились в столь грозную военную силу, что многие даймё предпочитали иметь их на своей стороне и платить за это большие деньги, нежели столкнуться с нимни на поле боя. С тех пор вссех выходцев из Нэгоро стали считать первоклассными стрелками и оружейниками.

В рамках школы нин-дзюцу Нэгоро-рю родилась более мелкая, но не менее активная школа Нэгоро Дэнко-рю, которая была основана Нэгоро Дэнко, изучавшим нин-дзюцу у сохэев из Нэгоро-дзи.