Одержав убедительную победу в битве при Сэкигахаре, Токугава продолжил политику Оды и Тоётоми, направленную на искоренение всех враждебных даймё, лиг, религиозных объединений. Многие князья, сражавшиеся на стороне его врагов, были обезглавлены, совершили сэппуку или лишились своих владений. Многие группы ниндзя потеряли нанимателей и были вынуждены либо поступить на службу к сёгунату, либо заняться разбоем. Вообще положение старинных кланов ниндзя в это время было довольно сложным. Поскольку войны на время прекратились, спроса на их услуги не стало. Ниндзя лишились привычного заработка шпионским и диверсионным ремеслом. Тогда ниндзя из Ига, располагавшие огромными шпионскими сетями, стали наниматься к купцам из города Сакаи, чтобы выведывать торговые и производственные секреты у их конкурентов. С тех пор в жаргоне Ига-моно прочно утвердился термин "Сакаи-си" - "служба в Сакаи". Хотя сами ниндзя из Ига пренебрежительно относились к такой неинтересной и бесславной работе, на некоторое время она стала их единственным источником дохода. Возможно, это был первый в мировой практике случай коммерческого шпионажа.

Намного лучше было положение синоби, поступивших на службу к сёгуну и объединенных в особые "шпионские отряды" (синоби-гуми) - Ига-гуми, Кога-гуми, Нэгоро-гуми. Отряду Кога-гуми была доверена охрана трех главных ворот замка Эдо, а отряд Ига-гуми охранял внутренние покои самого князя. По сообщениям источников, оба отряда включали приблизительно по 200 синоби, но, возможно, численность их изменялась во времени. Нэгоро-гуми выполнял полицейские функции в столице.

Такое большое количество синоби в столице привело к тому, что сёгунское правительство (бакуфу) было вынуждено предоставить им землю для расселения. В результате в Эдо появились кварталы Ига-тё и Кога-тё. Все воины из синоби-гуми получали солидное жалование и находились на привилегированном положении. В их функции входили сопровождение и охрана сёгуна во время парадных и ритуальных выездов.

Впрочем, неплохое денежное содержание в условиях отсутствия войн не способствовало сохранению шпионских навыков синоби, которые все больше превращались в обычных солдат-асигару. Для примера, можно сказать что во время последовавшей через несколько лет осады замка Осака, воины из синоби-гуми Токугавы не совершили никаких особых подвигов, в отличие от знаменитых невидимок из Ига и Кога, служивших Санаде Юкимуре, который сражался на стороне Тоётоми Хидэёри.

В промежутке между битвой при Сэкигахара и осадой замка Осака в 1615 году произошло одно любопытное событие - мятеж ниндзя из Ига-гуми. Дело было так. Хаттори Хандзо Ивами-но Ками Масанари, наследник знаменитого дзёнина Хаттори Хандзо, возглавивший Ига-гуми после смерти своего отца, оказался весьма буйным и своенравным человеком. Не прошло и десяти лет со дня смерти Хандзо, как Масанари из-за своего недостойного поведения попал в немилость к сёгуну и был отдан на поруки дедушке по материнской линии Мацудайре Садакацу. Но беспокойный синоби не угомонился, и уже на следующий год учинил большой скандал. Он жестоко притеснял синоби Ига-гуми и эксплуатировал их словно прислугу. Например, во время строительства собственного дома он заставлял их выполнять различные хозяйственные работы, начиная со штукатурки и кончая рубкой леса. А если кто-то из солдат не подчинялся его приказам, Масанари уменьшал им жалованье. Тогда 200 синоби, возмущенные таким обращением, послали тайный донос Главному управляющему. Воорудившись луками и ружьями, они затворились в храме и отказались повиноваться. Однако бакуфу арестовало и приговорило к смертной казни десятерых предводителей стражников. Жены и дети тех, кто сумел бежать, были взяты в качестве заложников. Были и такие, кто явился с повинной или совершил харакири. Судьба еще двух солдат осталась неизвестной.

Масанари же в гневе бродил по городским улицам с намерением зарубить любого стражника из Ига-гуми, попавшегося ему на глаза. Случайно он наткнулся на слугу из сопровождения Ина Кумадзо Тадацугу и, по ошибке приняв его за солдата из своего отряда, зарубил среди бела дня. Слуга скончался на месте. Поскольку Ина Кумадзо Тадацугу был губернатором 8 провинций Канто и пользовался большим доверием Токугавы, кара за это преступление была неотвратима.
Хотя в то время случаи пробы нового меча на случайных прохожих на улицах Эдо были страшной реальностью, убийство слуги столь высокопоставленного человека обернулось для Масанари потерей должности и видного общественного положения. Более того, Масанари лишился самурайского звания.

Командование же над стражниками Ига-гуми было разделено между четырьмя военачальниками асигару: Окубо Таданао, Кумэ Сигэкацу, Хаттори Накаясу и Като Масацугу. Отряд Ига получил свободные земли в Ёцуя (квартал Эдо), где появились так называемые Южный и северный кварталы Ига.