Стиль Мотобу-рю базируется на семейной системе тэ Мотобу Удуна, котора передавалась по наследству от одного таршего сына к другому с течении 11 поколений. Тёю Мотобу был представителем 11-го поколения. Родословная семьи Мотобу восходит к принцу Сё Косину, шестому сыну рюкюского короля Сё Сицу, который правил с 1648 по 1669 год. Тёю Мотобу был инструктором по тэ у последнего рюкюского короля, Сё Тая (1848-1879). В 1924 году Мотобу помог организовать Научно-исследовательский клуб окинавского тодэ в городе Наха и стал его председателем. Среди членов клуба были Тёдзюн Мияги, Кэнва Мабуни, Кэнцу Ябу, Тётоку Кьян, Тодзё Осиро и Тёки Мотобу. В конце-концов продолжателем боевых традиций стал Сэйкити Уэхара. Приблизительно через три года после смерти Тёю Мотобу, в 1926 году деятельность Клуба была свернута, и интетес к Мотобу-тэ поддерживалс только благодар честолюбию Уэхары. В 1947 году Уэхара назвал этот стиль Мотобу-рю. В 1969 году Уэхара создал Ассоциацию кобудо-дзюцу стиля Мотобу-рю.
Изучение стиля начинают с мягкой версии ката Сантин, известной как Мото-тэ Сантин. На следующем этапе изучают основные типы передвижений. Далее изучают основные удары.
Сэйкити Уэхара утверждал, что после овладения основными приемами можно осилить противника, обрушив на него водопад технических приемов, которые вытекают один из другого. Эти приемы известны под названием одори-тэ (танец-рука). Объединенные вместе, эти приемы первоначально образовывали ката Андзи Ката-но Мэнката (танцевальная ката господ). Она передавалась как семейная тайна Мотобу, и Уэхара ее не выучил. Мотобу-рю включает в себя также искусство владения традиционными видами холодного клинкового оружи: катана, нагината, яри и танто.