Кочующий из книги в книгу популярный миф гласит, что нунчаку - бывший цеп для обмолота риса, превращённый японскими крестьянами в грозное оружие, которым они сражались против самураев. Однако этот миф содержит сразу четыре грубых ошибки. Нунчаку отнюдь не являются японским оружием, они никогда не были цепом, использовали это оружие вовсе не крестьяне - и вовсе не против самураев.

Нунчаку в том виде, в котором мы их знаем, пришли с Окинавы (Рюкю) - архипелага, являющегося сегодня частью Японии, однако заселённого другим народом, говорящим на другом языке. В японском языке даже нет слова для обозначения нунчаку - когда надо написать слово "нунчаку", используется либо запись "ну-н-тя-ку" на катакане - слоговом алфавите, которым японцы записывают иностранные слова, либо китайский иероглиф "двухчленная дубинка" ("двухзвенный цеп"), который на китайском языке читается как "шуан-цзе-гун", на окинавском - как "нун-тя-кун", а на японском - как "со-сэцу-кон".

Многие считают, что нунчаку ведут своё происхождение от цепа для обмолотки риса (уцу) - но это ошибка. Чтобы убедиться в этом, достаточно представить себе, что Вам нужно молотить нунчаку (причём не концом, а всей поверхностью палки) лежащие на земле колосья - для этого Вам придётся согнуться в три погибели, почти что упираясь носом в собственные колени, а при каждом взмахе Вы будете бить себя по спине. Настоящий окинавский цеп - как, впрочем, и японский, китайский или европейский - имеет ручку длиной в рост человека, так что им можно бить по земле, не скрючиваясь буквой "зю". Поэтому версия о происхождении нунчаку от цепа совершенно несостоятельна. Причина путаницы, судя по всему, кроется как в конструктивном сходстве нунчаку и цепа, так и в том, что в арсенал окинавского кобудзюцу входит другое оружие - боевой цеп (утибо) - действительно являющееся модификацией крестьянского цепа.

Существует несколько более разумных версий относительно того, какой предмет послужил прототипом нунчаку. Наиболее правдоподобная из них (её придёрживается ряд современных мастеров кобудо) гласит, что нунчаку в оригинале представляли собой удила - часть конской упряжи. В исходном варианте нунчаку палки были изогнуты, как показано на фотографии, и лишь позднее начал применяться известный сегодня вариант с прямыми ручками. Существуют также версии о происхождении нунчаку от колотушки ночного сторожа или от инструмента для обдирания коры со ствола бананового дерева (из коры банана на Окинаве делали лучшую ткань). Наконец, ещё одна версия, которую признают такие авторитеты, как Мияги и Икэда, гласит, что оружие, послужившее прототипом нунчаку, привезли на Окинаву китайские иммигранты. Косвенным подтверждением этой версии служит то, что для обозначения нунчаку используется слово, заимствованное из китайского языка.