Шеллинг родился 27 января 1775 года в вюртембергском городке Леонберге. При крещении его нарекли Фридрихом Вильгельмом Йозефом. Его отец Этингер Шеллинг, магистр Богословия и знаток древних языков, впоследствии занял руководящий пост в протестантской церкви Вюртемберга. Сына он воспитывал в духе пиетизма - лютеранского обновленчества.

В шесть лет Фридрих пошел в начальную школу, в восемь приступил к изучению древних языков. Еще через два года его отдали в латинскую школу в Нюртенгене. Осенью 1786 года учитель заявил, что мальчик знает всю школьную программу. Фридриха вернули домой и отдали в монастырское училище. В пятнадцать лет, то есть на три года раньше, чем допускалось законом, Шеллинг благодаря ходатайству отца был принят в Тюбингенский теологический университет. В студенческие годы он подружился с Гегелем и поэтом Гельдерлином. Их сближение началось на почве политического свободомыслия. Французская революция достигла своего апогея и волновала умы тюбингенских студентов. Шеллинг перевел с французского "Марсельезу" и стал, как и Гегель, членом политического клуба, в котором горячо обсуждались революционные идеи.

В 1795 году Шеллинг оканчивает университет. Ему предстояло разделить участь всех классиков немецкого идеализма - побывать в роли домашнего учителя в период между академическим обучением и академическим преподаванием.

В 1797 году на молодого Шеллинга как на проводника идей своего "Наукоучения" обратил внимание Фихте, который уже разрабатывал новую систему, философию природы. Тогда же появилась работа Шеллинга "Идеи к философии природы", а еще через год вышло получившее горячее одобрение Гёте исследование "О мировой душе. Гипотеза высшей физики для объяснения всеобщего организма".

При содействии Фихте и Гёте Шеллинг получает в 1798 году должность экстраординарного профессора в Иене. Здесь, на рубеже двух веков, так или иначе перекрещивались пути таких людей, как Шиллер, Гёте, братья Август и Фридрих Шлегели, Новалис, Тик, Фихте, Гегель. Общение и дружеские связи с ними способствовали тому, что иенский период, длившийся с 1798 по 1803 год, сделался самым важным и наиболее плодотворным для молодого мыслителя.

Шеллинг познакомился с женой поэта-романтика Фридриха Шлегеля и вскоре сблизился с ней. Каролина чувствовала себя свободно среди интеллектуалов. В марте 1802 года Каролина отправилась к мужу в Берлин выяснять отношения. Они решили окончательно разойтись. 17 мая 1803 года брак был наконец расторгнут.

Теперь ничто не держало Шеллинга в Иене. Побывав в Веймаре и простившись с Гёте и Шиллером, Фридрих и Каролина уехали в маленький швабский городок Мурхардт к его родителям. 26 июня Шеллинг и Каролина поженились. Получив назначение в Вюрцбург, Шеллинг на долгие годы обосновался в Баварии.

Его учение о природе развилось в эпоху естественнонаучных открытий Вольты, Гальвани, Кулона, Лавуазье, что и нашло свое выражение в таких сочинениях философа, как "Первый набросок системы натурфилософии для лекций" (1799), "Введение к наброску системы натурфилософии, или о понятии спекулятивной физики и о внутренней организации системы этой науки" (1799), "Общая дедукция динамического процесса" (1800). На формирование натурфилософских взглядов Шеллинга оказали непосредственное влияние исследования И. Риттера, К. Кильмейера, К. Эшенмайера.

Учение Шеллинга возвестило о наступлении новой эпохи. Ибо хотя любовь немецких романтиков к природе и была велика, но они любили ее как бы заочно, в мечте. Неудивительно поэтому, что прямая ориентация: "лицом к природе!" - завоевала многочисленных сторонников и восторженных последователей.

Шеллинговская концепция быстро завоевывала признание и в кругах ученых. В лице крупного исследователя в области минералогии норвежца Генриха Стеффенса Шеллинг обрел в 1798 году первого значительного союзника из среды естествоиспытателей. Найдя в философии природы обоснование медицинских взглядов на Броунову теорию раздражимости, бамбергская школа врачей признала Шеллинга своим главой, и медицинский факультет баварского университета избрал его своим почетным доктором (1800).

Лекции Шеллинга стали сенсацией. В 1800 году появляется работа Шеллинга "Система трансцендентального идеализма". В январе 1801 года вышел очередной номер "Журнала умозрительной физики" со статьей Шеллинга "Об истинном понятии натурфилософии". "Как будто идешь в сумерках по знакомой дороге, ориентируешься безошибочно, хотя окружающих предметов не видно", - отозвался Гёте об этой статье.

Гегель, исчезнувший из поля зрения Шеллинга однокашник, вновь дал о себе знать осенью 1800 года. Шеллинг принял живое участие в судьбе университетского друга. Помог переехать в Иену, поселил у себя. Гегель прошел габилитацию (первым оппонентом на диспуте был Шеллинг) и в качестве приват-доцента начал читать курс.