Вертикальная структура позволяла предводителям достаточно эффективно руководить своими организациями, однако она не обеспечивала самого главного - сбора информации в масштабах всей страны. Для этого организация ниндзя должна была иметь своих агентов во всех важнейших районах. Прецедент создания таких агентурных сетей создал знаменитый полководец Кусуноки Масасигэ, направивший 48 своих синоби для ведения шпионажа в важнейшие города Японии - Киото, Осаку и Кобэ. Однако большою развития это "начинание" не получило, так как содержать большое число агентов на местах могли только крупнейшие объединения ниндзя.

Как же формировались подобные сети? Сиба Рётаро утверждает, что гэнины из Ига по достижении "пенсионного возраста" (после 45 - 50 лет) получали от своих тюнинов приказание поселиться в той или иной местности - как правило, на перекрестке важных дорог, поблизости от крупных городов, замков феодалов. В стране, где бушевала война, по провинциям шатались десятки тысяч ронинов и толпы беженцев, сделать это было не очень сложно. Впрочем, иногда для облегчения имплантации агентов могли использоваться и довольно оригинальные трюки. Так в "Дзёдзан кидан" ("Рассказы Дзёдзан") рассказывается о "спектакле", разыгранном специально для заброски агентов: "[Даймё] Ходзё Соун объявил слепых никчемными существами и приказал схватить слепых монахов в [своих] владениях Одавара и утопить их в море. Поэтому слепцы бросились бежать на все четыре стороны, а шпионы, затесавшись среди них, были использованы".

Легенды при заброске использовались самые разные: ниндэя мог действовать под видом крестьянина, торговца, врача, ремесленника и т.д. На новом месте жительства он наблюдал и фиксировал, какие войска проходили по дорогам, кто приезжал в замок, как готовилась к походу армия его владельца, каково экономическое состояние княжества. как настроены местные жители. А еще он работал "почтовым ящиком" - получал сведения от других агентов и передавал их далее.

Ниндзя, осевшие в одном районе, периодически собирались на тайные собрания в каких-нибудь укромных местах - заброшенных храмах, пещерах и т.д. Назывались такие мероприятия "ити" - "базар", что весьма точно отражало их сущность: на ити происходил обмен информацией, добытой агентами, составлялся общий отчет для руководства.

Прекрасными возможностями в создании развернутых сетей обладали крупные буддийские и синтоистские храмы. Связано это было с тем, что у них всегда было большое количество филиалов в самых разных концах страны. Между головным храмом и филиалами сновали тысячи паломников и священников, которые легко могли передавать информацию от храма к храму. Для примера, один из трех крупнейших синтоистских храмов страны Восходящего солнца Катори-дзингу имел под своим началом около 2300 более мелких святилищ, включая великие храмы Касуга в Наре и Сиогама на территории современной префектуры Мияги. Неудивительно, чть с ним теснейшим образом связана знаменитая школа воинского искусства (и в том числе нин-дзюцу) Тэнсин Сёдэн Катори Синто-рю.