С наступлением в стране эпохи междоусобиц военное дело полностью было отделено от земледелия. Земельные владения, которыми располагали гокэнин, подразделялись на наследственные частные земли (или сирё - земли, на которые гокэнин получали санкцию сёгуна) и пожалованные владения, полученные за заслуги (онти), особенно ценимые самураями. Бакуфу внимательно следило за главным источником доходов самураев - их землями, издавая указы, ограничивающие и запрещающие продажу пожалованных и наследственных участков, стараясь поддержать подобными мерами экономическое могущество сословия воинов. По одному из указов (кодексу "Токусэй-рё") 1297 г. поместья обедневших гокэнин, проданные или заложенные хигокэнин и бонгэ (простонародью), подлежали конфискации и безвозмездному возвращению прежним владельцам. После издания этого закона такие аннулирования земельных сделок стали обычной формой борьбы даймё за сохранение своих земельных владений.

Военное сословие установило власть над всеми живущими на землях феодалов крестьянами. Функции владетелей поместий сводились лишь к контролю над исполнением закрепощённым крестьянством трудовых повинностей и уплате князьям натуральной ренты, составляющей иногда более половины урожая. Кроме того, крестьянство обязано было служить в отрядах самураев в качестве слуг и копьеносцев во время военных походов. Каждая деревня выделяла в дружину даймё определённое число пеших воинов, получивших в период междоусобных войн название "асигару" ( "легконогие") и превратившихся затем в самураев низшего ранга. После провалившейся попытки императорского дома во главе с экс-императором Готоба (1184 - 1198) свергнуть сёгуна в Камакура (мятеж годов Сёкю, 1219 - 1222) власть военных упрочилась ещё больше. Этому способствовал кодекс "Дзёэй сикимоку", или "Уложение года Дзёэй" (1232), изданный Ёсимицу Миёси (по повелению Ходзё Ясутоки). Свод законов эпохи Дзёэй ставил целью укрепление системы сёгуната и систематизировал обычаи и отношения в среде сословия самураев.

В годы регентства дома Ходзё (1199 - 1333) самураям впервые в истории довелось столкнуться с внешним врагом. Япония оказалась перед лицом внешней опасности - монгольского нашествия (гэнко), которое существенно повлияло в дальнейшем на обстановку в стране в целом, затронув в значительной степени и самурайство. Дважды (в 1274 и 1281 гг.) монгольские завоеватели под предводительством внука Чингисхана Хубилая, завершившего покорение Китая и фактически овладевшего Кореей, пытались подчинить своей власти последний независимый клочок суши в Восточном море - Японскую империю. Дважды объединённые монголо-китайские силы пытались совершить высадку на юге архипелага, и оба раза беззаветная храбрость самурайского ополчения, поддержанная силой тайфунов - "камикадзэ", одерживала победу. Особенно кровопролитным было второе сражение на острове Кюсю, длившееся сорок девять дней и закончившееся полным разгромом монголо-китайских полчищ. Монголы в тот период были, несомненно, носителями самой передовой в мире военной техники, заимствованной чуть ли не во всех странах Азии и Европы. Их короткие луки были вдвое более дальнобойными по сравнению с огромными японскими "юми", лёгкие доспехи и сабли позволяли лучше маневрировать в бою. Они использовали пушки и катапульты с пороховыми снарядами. Их тактика конных атак была отработана до мелочей в бесчисленных завоевательских походах. Немалый урон причиняли самурайским дружинам и китайские копейщики, завербованные в экспедиционный корпус.

Но наибольшим шоком для буси, привыкших к определённому военному церемониалу, было полное отсутствие уважения к противнику. Обычно в междоусобных баталиях воину надлежало выбрать себе достойного противника и после обмена приветствиями и соответствующими изысканными оскорблениями по всем правилам сразиться. Поле боя подчас превращалось в сплошные "парные турниры" с выбыванием участников. Не принято было нападать сзади, не окликнув предварительно жертву, прибегать к помощи слуг и оруженосцев, если к тому не понуждали чрезвычайные обстоятельства. Отрезанная голова противника, которая потом демонстрировалась сюзерену и выставлялась на всеобщее обозрение, была не просто варварским трофеем, а самым достоверным сертификатом личного участия в схватке с равным. Монголы же применяли исключительно тактику массовой атаки и набрасывались на горделивых буси, как стаи голодных собак. Известно, что и "трофеи" они брали анонимные, указывающие лишь на количество жертв, а именно - уши врага.

При вторжении Хубилая самурайские дружины впервые столкнулись с новой для них тактикой ведения войны, заключавшейся во взаимодействии всех подразделений войска, общем командовании, в действиях флангов (обходы и окружения) и т.д., а также с незнакомым доселе огнемётным оружием (ими применялась метательная артиллерия китайского типа - балисты), которое уничтожило и сожгло большую часть береговых укреплений японцев.

Тем не менее интересно, что японские воины, одержав победу и захватив множество пленных в полном вооружении, даже не подумали воспользоваться опытом пришельцев. Разве что приёмы владения копьём были несколько усовершенствованы. Все прочие виды воинских искусств без изменения благополучно дожили до XVI в., когда с появлением португальцев в армию стало широко внедряться огнестрельное оружие - мушкеты, пушки, пистолеты. Появились даже специальные части пехотинцев-мушкетёров, которые сильно поколебали престиж непобедимых конных рыцарей. Но верность традиции возобладала. Буси вплоть до середины XIX в. пренебрегали "огненным боем", который шёл в разрез с высокими идеалами будзюцу. Тем не менее это заложило основу новой военной организации, которая, при использовании военного опыта португальцев, помогла впоследствии полководцу Хидэёси во многих его победах. Претерпело изменение также и военное снаряжение, которое стало изготавливаться в соответствии с требованиями маневренного боя в более облегчённом варианте.

Монгольское нашествие потребовало мобилизации всех внутренних сил страны и создало предпосылки для кризиса мелкопоместного хозяйства и ослабления самурайства: буси, в частности, перестали получать средства от даймё и должны были нести службу за свой счёт. В это время появилась тенденция к распаду системы сёэн (средних и мелких хозяйств) и образованию новых крупных земельных поместий, в которых искали покровительства многочисленные самураи окончательно оторванные от сельского хозяйства. Окончательное размежевание сословий крестьян и самураев произошло в начале периода Асикага, между 1321 и 1334 гг.

Развитие товарно-денежных отношений, экономические затруднения в среде самураев, частые междоусобицы вели к упадку власти сёгуна и усилению владетельных феодалов - даймё, ставших полноправными хозяевами в управляемых ими провинциях.