В вертикальном плане в нин-дзюцу мы встречаем систему дзёнин - тюнин - гэнин.
Дзёнин - буквально "высший (или "главный") ниндзя" - это руководитель агентурной сети. Дзёнин заключал договоры с нанимателями и поддерживал с ними контакт, разрабатывал стратегические планы работы секретной службы, направлял деятельность зачастую мало связанных друг с другом "спецгрупп". Дзёнин был хранителем и воплощением традиции школы (рю) нин-дзюцу, посвященным во все тонкости шпионской работы на всех уровнях и прекрасно осведомленным в политической и военной ситуации.

Как правило имя дзёнина было строго засекречено и неизвестно даже членам организации ниндзя. Это гарантировало его безопасность, так как никто из рядовых агентов, даже под пытками или позарившись на щедрую взятку "конкурирующей фирмы", не мог рассказать врагу о руководителе сети ничего определенного. Если же кто-либо из них начинал проявлять чрезмерный интерес к личности дзёнина, его просто уничтожали, или посылали на задание, вернуться с которого ему было не суждено... Поэтому до настоящего времени дошло лишь несколько имен дзёнинов ниндзя Ига - Момоти Сандаю, Фудзибаяси Нагато-но Камн, Хатгори Ясунага и Хаттори Хандзо Масасигэ.

Дзёнин был единственным человеком, который имел полное представление о всей работе шпионской организации. По сути, он был "главнокомандующим армии невидимого фронта". К нему стекалась вся информация, добытая агентами. Для получения точных достоверных сведении дзёнин подчас прибегал к различным уловкам. Например, он мог назначить для выполнения одного задания нескольких лазутчиков так, чтобы они ничего не знали друг о друге, а затем сопоставить их отчеты и таким образом выявить истинное положение дел. Поскольку от умения дзёнина осуществлять руководство впрямую зависела эффективность деятельности всей агентурной сети, к нему предъявлялись чрезвычайно высокие требования. Впрочем, ничего особенно новою ниндзя здесь не придумали, а за основу взяли требования к качествам полководца, изложенные Сунь-цзы:

"Полководец - это ум, беспристрастность, гуманность, мужество, строгость". Китайский комментатор трактата Хэ Янь-си так поясняет этот пассаж: "Если у полководца нет ума, он не может оценивать противника и вырабатывать нужную тактику; если у него нет беспристрастия (справедливости), он не может приказывать другим и вести за собой своих подчиненных: если у него нет гуманности, он не может привлекать к себе массы и привязывать к себе воинов; если у него нет мужества, он не может решиться на какие-либо действия и вступать в бой; если он не строг, он не может подчинить себе сильного и управлять массой". А в словах другого комментатора, японца Оно Сорая (1666 - 1728) уже явно чувствуется влияние нин-дэюну: "Ум полководца (читай "дэёнина") - это умение предвидеть с самого начала, еще до того, как дело примет большой оборот, чем оно закончится; это умение не обманываться никакой ложью, не подаваться никакой клевете; это умение до того, как дело примет дурной оборот, найти средство против этого; не придерживаясь раз навсегда определенных правил, выбирать как раз то, что нужно для данного момента; умение справляться с несчастьем и превращать его в счастье, - вот что такое ум полководца ...".

Судя по всему, пост дзёнина был доступен лишь членам крупной семьи, стоявшей на вершине большой организации ниндзя, и передавался по наследству от отца к сыну. В Ига таких семей было три - Хаттори, Момоти и Фудзибаяси.

Тюнины - буквально "средние ниндзя" - представляли среднее звено в иерархии ниндзя. Это командиры небольших отрядов, как правило, в 30 - 40 человек. Тюнины решали конкретные задачи, поставленные "начальством", осуществляли непосредственное руководство во время операций, ведали вопросами по налаживанию явок, вербовке осведомителей, тренировке "личного состава", были "передатчиками" приказов от дзёнина рядовым агентам.

Тюнины обладали довольно большой самостоятельностью. Да по другому и не могло быть. Ведь они имели дело с конкретными людьми и конкретными обстоятельствами. Поэтому важнейшими качествами, которыми был должен обладать тюнин, были инициативность, способность самостоятельно принимать решения в сложной обстановке, нестандартность мышления, незаурядное шпионское и боевое мастерство, богатый опыт, непререкаемый авторитет.

Не всегда люди, обладавшие столь завидным набором качеств, довольствовались подчиненным положением в организации без всякой перспективы роста. Иногда они решали вместе со всей своей группой уйти "на вольные хлеба". Например, знаменитый ннндзя из Ига Игасаки Митидзюн сначала служил тюнином в организации Фудзибаяси Нагато-но Ками. но потом откололся, создал собственную школу шпионажа, получившую название Игасаки-рю, и, по-видимому, даже сформировал собственную разведывательную сеть, известную из источников как "49 школ Ига" - "Ига ёндзюхати-рю", названную так по числу членов (включая и самого Митидзюна) его организации. Однако, такой поступок - все же скорее исключение, чем правило.

Низшую ступень в иерархии ниндзя составляли рядовые агенты - гэнины - буквально "нижние ниндзя". Именно эти, чаще всею безвестные, гении разведки и шпионажа своими замечательными подвигами и снискали ннн-дзюцу громкую славу. От них требовалось замечательное владение телом, знание всех тонкостей работы рядового разведчика и шпиона и безграничная преданность организации.