Одновременно с буддизмом в Японии начало распространяться конфуцианство чжусианского толка. Учение Конфуция, переработанное Чжу Си, представляло собой консервативное, догматическое течение более идеологического, чем религиозного плана, так как оно включало в себя, кроме религиозных, очень слабо развитых, ещё и этические моменты. В Японии конфуцианство пошло по пути адаптации в местных условиях, сливаясь с буддизмом и синто, воспринимая некоторые их положения. Конфуцианство подтвердило синтоистские требования о "верности долгу", послушании и повиновении подданного своему господину и императору, требовало морального совершенствования посредством строжайшего соблюдения законов семьи, общества и государства. Главной обязанностью каждого мужчины конфуцианство, как и синто, считало обязательное почитание прародителей и отправление культа предков; оно учило дисциплине, повиновению, уважению старших. Всем этим прежде всего и была обусловлена активная поддержка конфуцианства феодальными правителями Японии. Это сделало конфуцианство основой воспитания в среде господствующего класса, и в частности самураев.

В основе конфуцианства лежал принцип патриархальности, который ставил сыновнюю почтительность превыше всего. Согласно конфуцианскому учению, в мире существует большая мировая семья, состоящая из Неба-отца, Земли-матери и человека-дитяти. Вторая большая семья - государственная. В ней император является одновременно и Небом и Землёй (отцом и матерью), министры - его старшие сыновья, народ - младшие. И, наконец, обыкновенная семья (политическая и социальная единица). Глава каждой семьи должен повелевать своими домашними и отвечать за них перед государством, которое признаёт только семью и игнорирует отдельную личность. Отсюда догмат верности и беспрекословного подчинения отцу, феодальному князю (который в конфуцианском смысле слова рассматривался так же, как "отец"), сёгуну.

Конфуцианство учило, что человек становится человеком в силу пяти добродетелей (постоянств), отличающих его от животного.

Первой из них конфуцианство называет человеколюбие, сущность которого - любовь и проявление - добро. Далее следует справедливость - всё хорошее и правильное, всё, что в данном случае соответствует разуму. Называется это хорошее и справедливое долгом (другими словами, исполнять свой долг - это действовать в интересах других, не обращая внимания на свою собственную пользу). Третья добродетель - благонравие, почтение к людям, почтительное отношение к "стоящим выше нас" и непрезрительное отношение к "стоящим ниже нас". Иначе говоря, благонравие - это скромность. Четвёртая добродетель - мудрость. Быть мудрым - значит быть сведущим в причинах явлений, знать хорошее и дурное, различать правду и неправду, добро и зло и разбираться даже в том, что не слышно уху и не видно глазу. Последняя, пятая добродетель - правдивость - это то, что незыблемо, непреложно, что без лжи и фальши твёрдо согласуется с "путём", то, что есть правда и истина и т.д. Все эти положения, заимствованные японским философом Кайбара Экикэн у императора учения Конфуция чжусианской школы Чжоу-цзы, и представляют основу конфуцианства, принятого в Японии.

Понятие человеколюбия, по Конфуцию, включают в себя всё положительное, содержащееся в вышеуказанных добродетелях, поэтому он говорил только о человеколюбии как о главной добродетели, включающей в себя все перечисленные постоянства. Если человек, следуя природе пяти постоянных добродетелей, или человеколюбия, "не находится под пагубным бременем своих страстей и только всецело представляет себя влечению естественного начала", то в его жизни возникают пять человеческих отношений: между родителями и детьми; господином и слугой; мужем и женой; старшими и младшими братьями; между друзьями. Эти пять основных отношений называли "горин".

Для самурая отношение между господином и слугой было основным. Из этого отношения черпались понятия о долге господина перед слугой и слуги перед господином. Содержание своих слуг было законом нравственного долга господина, и он не мог считать это своей милостью по отношению к слугам, так как жил трудом своих слуг и должен был, наоборот, смотреть на это как на милость с их стороны. Для слуг же служение господину есть долг и обязанность, а не милость. С благодарностью они должны получать от своего господина выдачи натуры или деньгами, и их должна воодушевлять только одна мысль: отдать свою жизнь за него. "Это - закон нравственного дола слуги", - говорится в конфуцианском учении. Такие отношения - не что иное, как "справедливость", или "нравственный долг господина и слуги".

Идея верности господину и неразрывно связанное с ней понятие долга были выдвинуты в бусидо на первый план, в то время как более отвлечённые философские положения конфуцианства претерпели на японской почве соответствующую перегруппировку и переоценку, не меняя, однако, своей сути. Верность ("служение господину как источнику всех благ") и долг ("осуществление этой верности") во всей конфуцианской этике являлись наиболее активными элементами, всё остальное считалось второстепенным и "покрывалось практическими идеями" этих двух понятий, занимало как бы побочное, служебное положение.

Но верность господину могла выражаться не только в постоянном служении ему, готовности в любой момент пасть за него. Вассал проявлял свою верность также тем, что следовал за своим господином по пути смерти, выражавшемся в "самоубийстве вслед", которое стало к XIV в. распространённой формой исполнения долга.

Таким образом, религиозное мировоззрение самураев слагалось из догм буддизма и конфуцианства, привнесённых в Японию из Китая, и элементов верований и обычаев местной, национальной религии - синто, которая вошла с ними в тесное соприкосновение.

Со временем элементы этих трёх религий переплелись и составили как бы единое целое. Другие большие религии и религиозные течения оказали на сословие воинов менее существенное влияние.

Тем не менее на долю христианства, появившегося в Японии вслед за прибытием португальцев в XVI в., выпал больший успех. Деятельность христианских миссионеров, прежде всего иезуитов, принесла свои плоды. Так, половина армии в походе Тоётоми Хидэёси против Кореи в 1598 г. была христианской. Однако христианство недолго процветало на японской почве.

Христианство в Японии не было христианством в полном смысле этого слова. Оно было весьма своеобразным и включало в себя элементы синто и буддизма. Синкретичность христианства на Японских островах проявлялась, к примеру, в том, что Японцы отождествляли богоматерь с Амида-буцу или с Каннон-босацу).

Вслед за неожиданным подъёмом влияния христианства последовало ещё более быстрое его искоренение, обусловленное опасениями сёгунов в связи с проникновением в страну иностранцев, которое таило в себе смертельную опасность для существовавшего тогда государственного строя.