Создатель этого стиля - Сёсин Нагаминэ - в 17 лет стал заниматься каратэ у Тёдзина Кубы, мастера Томари-тэ. Затем Нагаминэ обучался каратэ у молодых учеников Тётоку Кьяна - Таро Симабуку и Анкити Араки. В то время, когда Нагаминэ был руководителем клуба каратэ своей школы, он тренировался у Кодацу Ихи, специалиста по Томари-тэ.
В 1928 году Нагаминэ был призван в армию и отправлен в Китай. В 1931 году по возвращении на Окинаву он поступил на службу в полицию и получил назначение в полицейский участок Кадэна сроком на 4 года. Там он прошел курс обучения каратэ под руководством Тётоку Кьяна. В 1936 году Нагаминэ учился в Центральной полицейской академии в Токио, где имел возможность обучиться спаррингу и пройти курс практического рукопашного боя с инструктором Тёки Мотобу. Он также встречался с учениками Сокона Мацумуры и Анко Итосу - Тёмо Ханасиро и Канцу Ябу - которые предупредили его, что ката каратэ вТокио претерпели значительные изменения и что Нагаминэ следует приложить усилия и постараться, чтобы ката, которым он обучался, сохранили первоначальную форму.
Свое название стиль Мацубаяси-рю (иногда его по ошибке называют Сёрин-рю) получил в 1947 году в честь Косаку Мацумуры и Сокона Мацумуры, учения которых оказали на этот стиль большое влияние.
В стиль Мацубаяси-рю входят 18 ката: Фукю-ити, Фукю-ни (или Гэкисай-ити), Пинан Сёдан, Пинан Нидан, Пинан Сандан, Пинан Ёндан, Пинан Годан, Найханти Сёдан, Найханти Нидан, Найханти Сандан, Ананку, Ванкан, Рохай, Вансю, Пассай, Годзюсихо, Тинто и Кусанку; а также 5 видов оружия: бо, нунтку, туйфа, сай и кама.